hg38 resource bundle google cloud download links

最新推荐文章于 2023-07-10 19:06:36 发布
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分类专栏： 生物信息学 专业小笔记
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https://software.broadinstitute.org/gatk/download/bundle  

通过GATK的resource bundle 下载hg38数据总是提示超过最大连接数（FileZilla）

搭上梯子去Google cloud 存储里，查找到这些文件的下载地址，不过还是需要能外网才能下载到，让我又怀念以前的VPN了

https://console.cloud.google.com/storage/browser/genomics-public-data/resources/broad/hg38/v0/

 

 

https://storage.googleapis.com/genomics-public-data/resources/broad/hg38/v0/1000G.phase3.integrated.sites_only.no_MATCHED_REV.hg38.vcf
https://storage.googleapis.com/genomics-public-data/resources/broad/hg38/v0/1000G.phase3.integrated.sites_only.no_MATCHED_REV.hg38.vcf.idx
https://storage.googleapis.com/genomics-public-data/resources/broad/hg38/v0/1000G_omni2.5.hg38.vcf.gz
https://storage.googleapis.com/geno

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细雨春风
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properties-resource-bundle-editor.jar
03-22
properties-resource-bundle-editor.jar
下载GATK中存储的snp vcf文件
zbandzsxj的博客
08-01 2825
下载GATK中存储的snp vcf文件 写这篇文章的目的是为了以后不迷路，哈哈。我可以花了很长时间二次查找。 GATK是我们在找somatic snp时经常会用到的工具，它可以对可能存在小插入或者缺失的位点进行重新排列和校准! GATK里存储了很多版本的vcf文件 以下载hg38版本为例 网址为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/ 我们可以在服务器上直接下载 wget -b -c ftp://[email protected]
如何下载、选择dbSNP数据库的变异位点vcf文件（hg19/hg38）
qq_43722079的博客
04-10 8114
创作日志： 下载的增强子数据文件里，没给增强子中包含的SNP信息，所以要自己写脚本补充。本来是想通过爬虫的方法在dbSNP的网站上边爬取边补充，但是谁知道dbSNP的搜索功能做得那么垃圾！于是就只能下载dbSNP的变异位点文件，然后再自己做处理。 当我经历了九九八十一难终于下载并解压好了120+G的vcf文件后，打印信息的时候tmd发现自己下载错了版本，我要用的是hg19，却下载成了hg38，欲哭无泪… 文件名不标版本真的很气人。于是读了读README文档，谁让以前不读呢。 具体步骤 注意：由于下载的v
GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）
weixin_33696106的博客
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Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don’t know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now t...
GATK / 体细胞短变异检测工具Mutect2的使用
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qq_27390023的博客
10-04 2249
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=homo+sapiense1. 从UCSC下载hg38参考序列及注释数据 # 下载到当前文件夹 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/md5sum.txt #for checking wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz
Hibernate Resource Bundle-开源
04-24
基于Hibernate O / R持久性框架的资源包实现。
create-and-download-asset-bundle
08-16
create-and-download-asset-bundle
apache-jar-resource-bundle-1.3.jar
03-08
jar包，亲测可用
apache-incubator-disclaimer-resource-bundle-1.0.jar
03-08
jar包，亲测可用
人类基因组参考序列hg38.fa剪切工具clip.rar
12-27
从网站下载下来的hg38.fa非常大，不利于实验，这个工具可以从中提取单个染色体以便于实验，需要在linux中运行，运行命令在Readme.txt中。
实验记录 | 6/21结个尾吧
weixin_40640700的博客
06-21 293
mutect的结果报错，对我而言始终是一件如鲠在喉的事情。今天上午，就入手解决这件事情。 首先，先理清楚汇报的主要的思路（也不用过于紧张，平常心就好）。所以，究竟是什么呢? 刚开始，比较纠结于到底是使用mutect1还是mutect2，后来去网上调查比较后发现，mutect1更加专长于对单核苷酸变异的检测，而mutect2则在这个基础上，与GATK结合，更加专长于indel的检测。所以，综上所述，我应该试着跑完mutect1的流程。 或者，现在开始配置cnv.pl的环境。 ...
UCSC参考基因组下载----＞ bwa 建立index
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07-10 712
UCSC参考基因组下载（最新版hg38）----> bwa 建立参考基因组index。详见：https://zhuanlan.zhihu.com/p/383252096。分别复制hg38.fa.gz和md5sum.txt这两个文件链接，进行后续下载。UCSC主页:https://genome.ucsc.edu/根据自己的需要选择物种，这里以Human为例，下载hg38。点击Downloads中的Genome Data。下拉到底部，点击latest下载最新的文件。点击第三个红色框框，跳转到新的网页。
全基因组完整数据实战
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07-21 5496
一个人全基因组完整数据分析脚本 人全基因组分析一直是整个测序行业最重要的内容之一，随着各种测序仪性能的快速提升，人全基因组测序价格越来越便宜，周期越来越低，可以预见，即将有越来越多的人全基因组被测序出来。这里我们将系统介绍一个完整的人全基因组分析案例，人全基因组分析可以大致分为四个过程。 1、从DNA到fastq； 2、从fastq到bam； 3、从bam到vcf； 4、从vcf到pdf； 一、从DNA到fastq 从DNA到fastq也就是测序的过程，对于人全基因组的测序，要分清楚几个问题？ 1、选择哪种
从UCSC下载基因组的GTF文件
庐州月光的博客
09-11 5523
欢迎关注”生信修炼手册”!从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式，一种是利用table browser 浏览器，另外一种是通过FTP服务。1. Table BrowserTable ...
GATK教程 / 变异检测前的数据预处理
悟道西方
06-23 1575
前文回顾1. GATK官方教程 / 概述及工作前的布置2. GATK教程 / 体细胞短变异检测 (SNV+InDel)流程概览Data pre-processing for variant discovery目的 这是第一阶段的工作，必须在所有变异发现之前进行。它涉及对原始序列数据(以FASTQ或uBAM格式提供)进行预处理，以产生可供分析的BAM文件。 这涉及到对参...
人类基因组hg38
wangprince2017
11-18 1137
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coolsen133的专栏
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Resource Bundle
最新发布
08-11
Resource Bundle是一个用于存储与特定区域设置（Locale）相关的资源信息的集合。它是通过头文件ures.h中的UResourceBundle结构体来表示的。每个Resource Bundle文件包含了多个字符串类型的资源项，每个项都由关键字和对应的翻译后的数据组成。一般来说，每种区域设置需要一个对应的Resource Bundle文件。在Intellij IDEA中，Resource Bundle文件可以以.properties或者XML格式存在。创建Resource Bundle文件时，可以通过勾选User XML-based properties files来选择创建XML格式的属性文件。同时，还可以选择已存在的项目区域和添加新的区域。总之，Resource Bundle是一个用于管理区域设置相关资源信息的重要概念。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [icu4 res编译](https://blog.csdn.net/zxplove/article/details/5811132)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [Intellij IDEA Resource Bundle](https://blog.csdn.net/weixin_34186950/article/details/88751212)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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