叶绿体基因组圈图

最新推荐文章于 2024-06-05 10:05:08 发布
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分类专栏： Chloroplast
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1.CPGAVAS http://47.96.249.172:16019/analyzer/annotate 打不开了
2.OGdraw：http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/index.shtml（一般文章常用圈图网站，但最近已崩）

https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html
3.GenomeVx：http://wolfe.ucd.ie/GenomeVx/(输入.gb格式）
![SWLD63_~]24_OP0T812CYWR.png](https://imgconvert.csdnimg.cn/aHR0cHM6Ly91cGxvYWQtaW1hZ2VzLmppYW5zaHUuaW8vdXBsb2FkX2ltYWdlcy8xMjEzMzQ2NC0xMzQ3ZmFkY2IyMGM4NDUxLnBuZw)

谁拼刺猬
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专栏目录
在线作图|小基因组——叶绿体基因组圈图
weifanbio的博客
08-26 1052
在线绘制叶绿体基因组圈图 在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~）可以画也叶绿体基因组圈图！！！操作步骤如下： ①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器） ②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~ ③登录后在工具一栏（全部分析）里找到叶绿体基因组圈图，点击
线粒体和叶绿体的基因组特点_叶绿体/线粒体在线注释网站GeSeq使用简介
weixin_42571476的博客
01-02 5063
叶绿体/线粒体在线注释网站GeSeq上篇介绍了一个线粒体在线注释网站，MITOS，今天呢白鱼小编继续给大家推荐另一个在线注释网站，GeSeq。该网站即可用于注释线粒体，也可用于叶绿体。GeSeq主要以同源注释的方式，快速准确地实现细胞器基因组的注释，特别是叶绿体基因组。GeSeq网站链接：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.htmlGeSe...
叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程）
weixin_62735625的博客
01-24 7001
前言 叶绿体基因组（cpDNA）是环状的，在大小、结构和基因含量方面都相对保守，目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。 一、CPGAVAS2的使用 首先要寻找最佳的参考基因组，打开NCBI官网：National Center for Biotechnology Informationhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 点击BLAST，跳转页面后点击NucleotideBLAST 输入目标序列的acce...
从零开始学Circos绘制圈图（一）
xuzhougeng blog
07-26 9746
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。 circos绘制基因组 当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这...
探索基因组的微观世界：NOVOPlasty——您的组织器组装与异质性检测利器
最新发布
gitblog_00096的博客
06-05 312
探索基因组的微观世界：NOVOPlasty——您的组织器组装与异质性检测利器 项目地址:https://gitcode.com/ndierckx/NOVOPlasty 在生命科学的浩瀚领域中，细小如细胞器的基因组解码正成为研究的热点。今天，我们向您隆重介绍一款前沿工具——NOVOPlasty。这是一款专为短环状基因组设计的从头组装和异质性变异检测软件，它犹如一个精巧的基因工程师，揭秘那些藏于细胞深...
叶绿体基因组四个区连接位点可视化（IRscope+另一个画图脚本）
weixin_43362619的博客
07-31 5645
  IRscope是一款将叶绿体基因组四个区域连接位点可视化的软件，可以本地化，也可以在线服务，具体可移驾这篇文章: IRscope:可视化叶绿体基因组四个区连接位点.   我之前用的是本地化的软件，会遇到genbank文件格式的问题，导致程序报错，或者图片生成的很奇怪，又或者文件太多，运行的太久（可能是我的配置问题）。。。正常情况下图片是好的，而且生成的是pdf格式的图片，修改起来很方便（在线服务给的图片是gpg，修改起来可能会麻烦些）。   下图是在线服务中给的两个genbank文件做的图。   em
线粒体和叶绿体的基因组特点_文献笔记七十二：Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新工具...
weixin_29798981的博客
01-05 1114
文章题目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes期刊frontiers in Genetics 25 September 2020 University of Helsinki这个工具是一个shiny应用 链接是 https://irscope.shinyapps.io/chloro...
2014届高三生物一轮 限时规范训练 1-1-1细胞概述、基本结构及真核细胞与原核细胞（含解析）中图版
08-19
6. 叶绿体和线粒体都可以在光学显微镜下观察到，它们都能利用水进行生理活动，并且都有自己的基因组，能通过转录和翻译合成蛋白质。但叶绿体产生的ATP主要用于光合作用的暗反应，而线粒体产生的ATP用于细胞的各种...
重庆市綦江区三江中学2020学年八年级生物下学期期中考试试题（无答案） 人教新课标版.doc
10-11
14. 桃树胚的基因组成：题目20描述了杂交过程，甲桃树(AA)与乙桃树(aa)杂交，桃胚的基因组成为Aa。 这份试题全面测试了学生对生物学基础知识的掌握，包括生态、生物生理、遗传等方面的知识。解答这些题目有助于学生...
山东省济南外国语学校2017_2018学年高二生物6月份学业水平会考模拟试题2018062801174
09-08
10. 孟德尔遗传规律：叶绿体基因不遵循孟德尔定律；随机受精是前提；使用假说-演绎法发现定律；AaBb自交后代不一定有4种表现型和9种基因型，取决于基因的连锁情况。 11. 能与肾上腺素协同作用的激素：在调节血糖时...
山西省朔州市怀仁市2020-2021学年高二生物下学期期末考试试题答案
09-09
- 转基因植物中，叶绿体作为遗传载体可以避免基因通过花粉传播，提高安全性。 6. **基因工程** - 基因表达载体包含启动子序列，是RNA聚合酶识别和结合的位点，启动基因转录过程。 - 基因枪法是一种常用的植物转...
山东省临沂市郯城一中2014届高三生物上学期第一次月考试题（含解析）
08-18
禽流感病毒由禽类传染给人类，有多种亚型，如 H5N1、H9N2 和 H7N7，每种亚型的病毒基因组有所不同，导致不同的感染特征。 4. 核酸分子的多样性：核酸（DNA 或 RNA）的多样性主要来源于核苷酸的种类、数量和排列顺序...
江苏省盐城市名校2012年中考生物二轮模拟题2（无答案）
08-19
它是生物圈中能量流动和物质循环的基础。 3. 显微镜使用：在充足的光照下，若要观察到细胞质与液泡的界面，应调整显微镜的反光镜为平面镜，同时缩小光圈，减少光线强度，使得对比度增加，便于观察。 4. 细胞结构：...
湖北省部分重点中学高三生物7月联考试题（含解析）.doc.docx
11-22
- 病毒的繁殖方式：病毒不具有细胞结构，无法通过细胞分裂自我复制，而是依赖于宿主细胞内的机制来复制自身基因组并组装新的病毒颗粒。在本题中，B选项错误地描述了病毒的繁殖方式，它应该是通过感染宿主细胞并在...
辽宁省辽阳县2020学年七年级生物上学期第一次月考试题 新人教版.doc
10-11
15. 生物学的应用与意义：生物学在解决环境问题、预防疾病、人类基因组研究以及生物技术等方面发挥着重要作用。 判断题： 1. 正确，生物学是研究生命现象和生命活动规律的科学。 2. 错误，虽然大多数生物体由细胞...
每周一练：生物新课标卷[精选].doc
08-19
- 刚果红可以与纤维素形成红色复合物，用于鉴定纤维素分解菌，其周围会出现透明圈。 12. 培养基设计： - 分离和鉴别纤维素分解菌需要含有纤维素作为唯一碳源，以及刚果红作为指示剂的培养基。 以上内容涵盖了...
Chloroplot叶绿体基因组圈图可视化的新工具
qq_36608036的博客
10-28 3811
Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新工具 文章题目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes 期刊 frontiers in Genetics 25 September 2020 University of Helsinki 这个工具是一个shiny应用 链接是 https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/ 应该是和IRscope同一拨人开发的
如何判断基因组的重复区域_叶绿体基因组（2）
weixin_39558754的博客
01-16 2908
点击标题下「蓝色微信名」可快速关注关键词：叶绿体、基因组、细胞器、生物信息学叶绿体基因组的生物信息分析内容还是比较多的，包括基于结构和功能的基础分析，还包含了比较基因组和群体基因组的高级分析。相对于植物核基因组来讲，叶绿体基因组的开展更加迅速，从NCBI的统计数据来看近几年更是进入了爆发式增长期，截止到目前数据库中已存有将近3000个完整的叶绿体基因组序列，这为我们提供了丰富的信息资源...
novoplasty拼叶绿体全基因组
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weixin_45314058的博客
06-26 1万+
1、config文件准备 红线部分为修改参数内容，seedinput为从头拼接的引导保守序列，forward/reverse reads为解压缩好的illumina测序文件。若需要参考基因组拼接可在根目录文件包内粘贴上参考序列fasta格式文件，并在config的reference sequence中加入该文件路径。 ![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn...
植物叶绿体基因组注释
05-03
植物叶绿体基因组注释是指对植物叶绿体基因组进行解读和标注的过程。叶绿体是植物细胞中的一种细胞器，其中包含了自己的基因组，负责合成光合作用所需的蛋白质和其他重要分子。注释叶绿体基因组可以帮助我们理解植物的遗传信息、功能和进化。 在进行叶绿体基因组注释时，通常会采用一系列的生物信息学方法和工具。这些方法包括基因预测、基因功能注释、序列比对、结构预测等。通过这些方法，可以确定叶绿体基因组中的编码基因、非编码RNA以及其他重要的功能元件。 基因预测是注释叶绿体基因组的第一步，它通过识别DNA序列中的开放阅读框（ORF）来预测编码蛋白质的基因。接下来，对这些预测的基因进行功能注释，可以利用数据库和软件工具来比对已知的基因序列和功能信息，从而推断新基因的功能。 此外，还可以通过比对已知的叶绿体基因组序列来进行序列比对，以确定不同物种之间的共同基因和进化关系。结构预测可以预测叶绿体基因组中的RNA二级结构和蛋白质三维结构，从而进一步了解其功能和相互作用。 总之，植物叶绿体基因组注释是一个复杂的过程，通过使用生物信息学方法和工具，可以对叶绿体基因组进行解读和标注，从而深入了解植物的遗传信息和功能。
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