novoplasty拼叶绿体全基因组

最新推荐文章于 2024-06-05 10:05:08 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45314058/article/details/93661931
版权
本文介绍了使用novoplasty软件拼接叶绿体全基因组的详细步骤，包括config文件配置、运行文件准备、拼接过程、结果分析和序列校准。通过比对参考基因组，利用geneious进行功能注释和结构调整，借助repeat finder查找重复区域，以及使用map to reference功能进行序列比对和手动校准，最终得到高质量的全基因组序列。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1、config文件准备
红线部分为修改参数内容，seedinput为从头拼接的引导保守序列，forward/reverse reads为解压缩好的illumina测序文件。若需要参考基因组拼接可在根目录文件包内粘贴上参考序列fasta格式文件，并在config的reference sequence中加入该文件路径。

![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/20190625215624418.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80NTMxNDA1OA==,size_16,color_FFFFFF,t_70在这里插入图片描述2、准备好运行文件run.text
在这里插入图片描述
3、拼接开始

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这个错误提示是因为在文件中存在非ASCII字符，并且没有声明编码方式。为了解决这个问题，你可以在文件的开头添加一个编码声明，告诉Python解释器使用哪种编码方式来解析文件。常见的编码方式有UTF-8和ASCII等。 你可以在文件的开头添加以下内容来声明编码方式为UTF-8： ```python # -*- coding: utf-8 -*- ``` 如果你使用的是其他编码方式，可以将utf-8替换为相应的编码方式。 另外，确保你的代码编辑器也以相同的编码方式打开文件，以免出现编码不一致的问题。
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