miniconda安装及使用

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Python 环境的配置及相关工具的安装

 

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1.安装 miniconda

 

进入网址 Miniconda - Conda

 

下载 Python3 的 64-bit 版本即可。注意,最好是64位的版本(除非你的电脑是32位的)。这里选择3.X或者2.X没关系,都可以,但建议和课程一致选Python3版本。

 

【注意!】在下载完对应的Miniconda安装包之后,可以直接在开始菜单里找到Anaconda Prompt,直接使用Anaconda Prompt而不是cmd终端进入conda操作;或者你也可以按照课程视频所示(遵循Miniconda安装及添加环境变量———小白教程 ,按照教程中的步骤进行Miniconda的安装和环境变量添加)使用cmd终端进入conda操作。如果你选择了Anaconda Prompt,以后的所有操作就用Anaconda Prompt替代cmd终端,如果你选择了cmd终端,以后所有操作就直接在cmd终端进行。

 

2.添加 conda 的镜像服务器

 

因为conda 下载文件要用到国外的服务器,速度一般会比较慢,我们可以通过增加一个清华的镜像服务器来解决。

 

打开cmd终端或者Anaconda Prompt(快捷键: win+r :然后输入cmd,回车)。

 

分别在cmd终端或者Anaconda Prompt里粘贴下面两行代码(每粘贴一行回车确认)。

 

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

 

conda config --set show_channel_urls yes

 

3.创建 Python3.5 的虚拟环境

 

在 cmd 终端或者Anaconda Prompt输入: conda create –n course_py35 python=3.5 。

 

!这里需要特别提醒你,-和n之间是没有空格的;如果你下载的不是python3.5版本,记得在这里把python=()改成相应的版本,下同。

 

“course py35”可以替换为你想用的名称,按回车键执行代码,下同

 

安装工具包的时候可能需要安装一些其他的工具,如果系统提示 proceed ([y]/n)? ,输入y, 回车就ok。

 

出现如下图提示 “To activate this environment……”表示环境配置成功

 

尝试触发刚创建的这个环境,输入: activate course_py35

 

这里如果你用的是其他的名字,输入“activate+名称”就可以了

 

如果命令行出现(course_py35)或者说是你自己设定的名称,表示已经载入这个环境

 

你可以选择查看 Python 的版本是否是我们刚创建的3.5版本,输入:python

 

不出意外的话,系统会给你反馈 python 的版本信息

 

输入:quit()

 

退出 python 环境(注意此处的括号为英文状态下输入的)

 

4.安装科学计算所需的 python 工具包

 

用 conda 安装 scipy

 

cmd输入:conda install scipy

 

用 conda 安装 pandas

 

输入:conda install pandas

 

conda安装scipy和pandas都是需要先退出python(也就是说,如果你之前在命令行输入了python的话,需要先使用quit()命令退出),在之前创建的course_py35环境里安装;检查包是否安装成功,需要首先进入python,再使用"import +包名字"进行检查,如检查scipy是否安装成功,可以输入import scipy。

 

用 pip 安装 scikit-learn

 

输入:pip install scikit-learn

 

很多包其实用 pip 也是可以直接安装的

 

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Mac用户安装注意事项

 

如果怕后续安装出现不必要的麻烦,建议下载 .pkg 文件的 Anaconda

 

点击链接进入下载页面: Anaconda(注意是下图中文件更大的那个哦)

 

下载之后安装就可以了(可以全部选默认设置)。

 

如果你还是坚持下载了 Miniconda ,那么下面的操作也可以让你解决安装的问题

 

在 launchpad 里打开终端(或者本地搜索“终端”打开)

 

进入你下载的文件的位置。比如,我这里下载在桌面的,找到下载的文件,右键 > 显示简介 > 复制位置信息

 

在终端输入: cd+空格+复制的位置信息,比如我这里输入的就是:

 

cd /Users/mac/Desktop

 

然后,在终端输入(并按回车执行): chmod 777 + 文件名称,比如我这里输入的是:

 

chmod 777 Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

 

最后,就可以执行这个文件啦,在终端输入(并按回车执行): bash+文件名 ,比如我这里输入的是:

 

bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

 

好了,解决了 Miniconda 的安装,后面的操作就跟上述的 windows 下的操作一样了,你还需要添加服务器镜像和配置 python3.5 的虚拟环境。

Mac上下载Miniconda是为了获取一个轻量级的Python环境管理工具,它包含了conda,这是一个方便管理Python包和依赖的包管理器。以下是安装Miniconda以及利用其安装QIIME(Quantitative Insights Into Microbial Ecology,用于微生物生态学定量分析的软件套件)的步骤: 1. **下载Miniconda**: - 访问Anaconda的官方网站(https://www.anaconda.com/products/distribution),找到适合macOS的版本(可能是Miniconda3,因为它是Python 3版本)。 - 下载`Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh`(或其他对应平台的脚本)。 2. **安装Miniconda**: - 双击下载的安装脚本,按照提示一步步操作,可以选择将Miniconda添加到路径或自定义安装位置。 - 安装过程中可能会询问是否创建启动文件,通常选择"是"可以让你每次打开终端时自动激活Conda环境。 3. **激活新环境并安装QIIME**: - 打开终端(Terminal)。 - 输入 `conda create --name qiime_env python=3.9` 来创建一个新的名为`qiime_env`的conda环境,并指定Python版本。 - 等待安装完成,然后输入 `source activate qiime_env` 切换到新的环境。 - 接着,输入 `conda install qiime2` 来安装QIIME。注意,这可能需要一段时间,取决于网络连接速度和QIIME的大小。 4. **验证安装**: - 完成安装后,你可以通过 `qiime --version` 检查QIIME的版本信息,确认已成功安装。 5. **更新环境和包**: - 使用 `conda update conda` 更新conda本身,然后 `conda update qiime2` 更新QIIME。
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