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生物信息
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Deepgener
-Microbial Research -1.分享国内外top期刊的关于宏基因组,代谢组,转录组及其他组学等多组学文献的详细解读; 2.提供在宏基因组研究过程中软件安装技巧说明,生信统计方法及步骤分享;3.其它详见公众号推送
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生命早期为何影响终生菌群构建及疾病易感性
生命早期为何影响终生菌群构建及疾病易感性文献导读在出生前,肠道缺乏活菌。一旦胎膜破裂,新生儿的体表暴露于环境细菌下, 在出生后早期,微生物群表现出较高的个体间差异和较低的多样性,并受到母体接触和环境的强烈影响。持续的环境暴露稳步增加多样性,最终导致一个成熟和相对稳定的微生物群。最近的研究表明,出生后期和婴儿早期是免疫细胞成熟和稳态的一个特别重要的时间窗口。在这些研究中,出生后早期接触微生物对...原创 2018-11-12 23:59:53 · 1336 阅读 · 0 评论 -
Nature 综述 | 肠道微生物组相互作用的规则
肠道微生物组相互作用的规则文献导读在人类中,生态位特异性胃肠道微生物组影响益生菌微生物的定植成功。使用预扰动自体粪菌移植可以使抗微生物扰动后的微生物组合成功最容易。文献信息英文标题:Rules of engagement in the gut micro biome中文标题:肠道微生物组相互作用的规则作者信息:Elze Rackaityte(第一作者)Susan V. Ly...原创 2019-01-31 17:28:42 · 4693 阅读 · 0 评论 -
Nature | 细菌分子靶向病毒DNA
细菌分子靶向病毒DNA文献导读为了享受美丽的环境,从苏格兰山坡到热带丛林中,我们可能需要抵御常驻害虫。如果害虫种类多,最好采取广谱防御策略(如喷洒驱虫剂)。除了拥有大量针对特定病毒的更具体的防御之外,细菌可以使用一般防御手段来对抗它们的病毒捕食者。Kronheim et al曾在nature上报导了一种抗病毒防御系统,该系统可以保护一种以上的细菌种类。这些发现可能对我们理解细菌和病毒如何...原创 2018-12-18 20:55:00 · 1249 阅读 · 0 评论 -
Science | 炎症性肠病和肠易激综合征肠道微生物组组成及功能变化
炎症性肠病和肠易激综合征肠道微生物组组成及功能变化文献导读炎症性肠病是一组特定的肠道慢性疾病的统称,主要包括克罗恩病和溃疡性结肠炎—维基百科肠易激综合征是一组持续或间歇发作,以腹痛,腹胀,排便习惯或大便性状改变为临床表现,而缺乏胃肠道结构和生化异常的肠道功能紊乱性疾病—百度百科文献信息英文标题:Gut Microbiota composition and functional ...原创 2018-12-27 20:52:38 · 3410 阅读 · 0 评论 -
Feature|微生物组学研究的机遇与挑战
标题:微生物组学研究的机遇与挑战导读在过去的几年中,微生物组的研究大大地改变了我们对人类生物学的理解。人体内存在着数以万亿计的微生物,远高于人体细胞的数目,这些微生物对人体健康不可或缺。随着微生物组学研究的深入,人们逐渐了解微生物如何介导消化和疾病过程到发现与癌症,帕金森氏症,自闭症和抑郁症相关的新观点。微生物组学研究的兴起,似乎为人类对疾病的认知打开了另一扇大门。虽然微生物组学研究火热...原创 2018-12-03 21:04:45 · 6007 阅读 · 0 评论 -
R语言一种无偏变量选择的多元统计方法
导读今天给大家介绍的是一款施琳大神(现就读于查尔默斯大学,postdoc)于几年发表的一个R包-MUVR (Multivariate methods with Unbiased Variable selection in R),主要是为计算预测变量和相应变量之间的关系提供了一种新的算法,那么这里的响应变量既可以是连续变量用于回归分析,也可以是因子变量用于分类分析。另外一个我之所以介绍这个软件的...原创 2018-12-12 20:48:36 · 1978 阅读 · 0 评论 -
调整肠道微生物的饮食结构有助于缓解儿童遗传和单纯性肥胖
调整肠道微生物的饮食结构有助于缓解儿童遗传和单纯性肥胖文献简介原标题:Dietary Modulation of Gut Microbiota Contributes to Alleviation of Both Genetic and Simple Obesity in Children译名:调整肠道微生物的饮食结构有助于缓解儿童遗传和单纯性肥胖期刊:EbioMedicine影响...原创 2018-12-08 13:51:07 · 1231 阅读 · 0 评论 -
胆汁酸-肠道菌群在肠道炎症和肿瘤生成中的互作
综述 | 胆汁酸-肠道菌群在肠道炎症和肿瘤生成中的生理学机制导读胃肠道癌症的发病机制涉及到广泛且复杂的基因-环境相互作用。人类胃肠道中寄居着种类多样的共生细菌以及其它微生物,统称为微生物区系。宿主的基因组和微生物的基因组共同产生各种各样的代谢物,可以作为重要的信号分子和能量物质。这些动态集合的小分子代谢物,也称为代谢组, 与宿主的互作可调控免疫系统,代谢表型,增加罹患各种疾病的风险以及影响...原创 2018-11-24 21:29:30 · 14410 阅读 · 0 评论 -
通过生物工程技术提高水稻胚乳营养价值进而改善人体健康
通过生物工程技术提高水稻胚乳营养价值进而改善人体健康文献导读通过生物工程技术提高水稻胚乳营养价值,进而改善人体健康文献介绍英文标题:From Golden Rice to aSTARice: Bioengineering Astaxanthin Biosynthesis in Rice Endosperm中文标题:从黄金大米到赤晶米:水稻胚乳中虾青素的生物合成期刊:Molec...原创 2018-11-22 12:11:41 · 936 阅读 · 0 评论 -
预防I型糖尿病,从婴儿时期肠道菌群出发
预防I型糖尿病,从婴儿时期肠道菌群出发文献导读人肠道菌群会随着年龄、饮食,用药等因素变化而发生改变。目前,人类从出生到老年这一阶段的肠道菌群的动态变化仍缺乏清晰认识。婴儿期到儿童期这个时期被认为是人肠道菌群形成的关键阶段。此外,这一阶段的微生物和免疫之间的互作被认为是与后期多种疾病相关,特别是胰岛自身免疫(IA)或I型糖尿病(T1D)。文献简介英文标题: The human g...原创 2018-11-19 13:08:27 · 542 阅读 · 0 评论 -
胆汁酸在健康和疾病患者中与糖代谢的关系
胆汁酸在健康和疾病患者中与糖代谢的关系文献导读胆汁酸是一种两性分子(有亲水性的也有疏水性的),可以形成一种微团(Micelle),促进肠道中营养物质、脂质及亲脂性维生素的吸收、乳化和转运。最近,胆汁酸也被报道可以作为一种信号分子,参与多效应生理生化反应,比如葡萄糖和能量代谢。胆汁酸的产生和分泌可以参考我以前的分享[1],此处不再赘述。文献简介原标题:Bile acids in glu...原创 2018-11-16 19:23:15 · 11089 阅读 · 0 评论 -
人体内菌群如何进化适应宿主内环境
Cell:人体内菌群如何进化适应宿主环境?(综述)文献导读目前,已经有很多研究使用宏基因组技术描述微生物组在不同选择压力下所经历的菌群水平变化. 但了解菌群在这样的系统中如何进化也很重要。因此,需要考虑的是:菌群在多大程度上以特定宿主的方式进化,包括外源物质和宿主饮食等许多因素都可能使个体具有独特的选择压力,表现为特定于个体的突变特征。文献介绍英文标题: Multiscale Evo...原创 2018-11-06 06:52:21 · 2984 阅读 · 0 评论 -
哺乳动物肠道微生物的传播模式
哺乳动物肠道微生物群的传播模式文献导读所有哺乳动物与细菌相关,影响宿主的消化,免疫和神经内分泌。然而,微生物群内特定细菌谱系在宿主之间传播的途径仍然知之甚小。在过去,生命进化的研究只集中在基因从父辈到子辈之间,即垂直向上传递。这一过程对于地质历史时期生命之树的发展与分化起到了非常重要的作用。再垂直的基因转移中,每个新物种全部的基因材料都源自于一个共同单一的祖先。但在横向的基因转移中,新物...原创 2018-11-11 00:20:26 · 1908 阅读 · 0 评论 -
一个基于宏基因组或扩增子序列预测代谢组的工具 - melonnpan
一个基于宏基因组或扩增子序列预测代谢组的工具 - Melonnpan摘要菌群代谢组学,特别是在人类肠道中的代谢组学,开始提供一条新的途径来鉴定疾病中的功能和破坏的生态。然而,这些数据的成本很高,很难大规模获得,而扩增子或鸟枪法宏基因组测序数据对于成千上万的人群来说是现成的。在这里,描述了一个计算方法,以预测新的微生物群落中潜在的不可观察的代谢产物,给予一个模型上训练的配对代谢组和宏基因组。还...原创 2019-08-26 10:53:58 · 2059 阅读 · 0 评论