EMBOSS部分命令

EMBOSS

序列提取程序

• extractseq

   Example1:Extract the regions 30 to 45
   extractseq sequence -regions "30-45"
   Example2: extract the regions 1787-1912, 782-856;
   extractseq sequence -reg "1787..1912,782..856"
   EXAMPLE3: extract the regions 782-856, 1787-1912 all to separate output sequences:
   extractseq tembl:x65921 -reg "782..856,951..1095,1557..1612,1787..1912" stdout
 -separate

   其他高级检索：
 -snucleotideq :如果序列是核苷酸
  -sprotein1 :如果序列是蛋白质
  -slwer1 :make lower case
  -sid1 <entryname>
  -squery1 <query fields or ID list>
  -osformat1 <输出序列格式>
  -ossingle2 :seperate file for each entry
  -ufo1 <UFO featrues>

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双序列比对

• needle
• water
• stretcher: 改进的Needleman-Wunsch动态规划算法局相似性双序列比对程序，占用内存较少，运行时间较长。
  • 例：比较af164138时，needle显示“Died: Sequences too big. Try ‘stretcher’”

-datafile <矩阵>：选择blosum做蛋白比对，或者EDNAFULL做核酸序列比对（事实上可自动识别，不需再手动设置）
-sbegin1 <数字>：作为序列起始
-send1