保姆级教程 | VMD中按不同类型显示不同样式

背景：现需获得如下样式的图片（不同颜色代表阴阳离子，同种离子个数200，每个离子由5-20个原子组成）

分析：要实现这种效果，首先得对输出的lammpstrj做改变，需要分别输出两种离子对应的lammpstrj文件，即使用group命令先对同类型的原子进行分组【据说，group命令在手册的823页，考证后我来更新】

步骤：

1. 在lammps运行时补充命令，用于分别输出阴阳离子的轨迹

group ca    type  1:10    #ca:cation
group an    type  11:16   #an:anion
group il    union ca an

timestep 1.0

dump 1 ca custom 50 dumpca.lammpstrj id mol type element x y z ix iy iz
dump_modify 1 sort id element mmol文件中的原子名

dump 2 an custom 50 dumpan.lammpstrj id mol type element x y z ix iy iz
dump_modify 2 sort id element mmol文件中的原子名

run 1000

这里将原子1-10划分给ca，将原子11-16划分给an，分别输出其lammpstrj文件

2. VMD显示：

将得到的dumpca.lammpstrj导入VMD后，输入下方命令显示盒子（可根据需要不显示）

pbc set {盒子的三边边长} -all

pbc box

pbc wrap -all

此时再导入dumpan.lammpstrj文件，继续输入以上命令以显示盒子

（温馨提示：不要一次性导入后再输入，否则VMD只能将最后导入的文件中原子放到盒子里）

修改显示的背景色（VMD默认是黑色，这里改为白色）：依次按下图流程点击

修改显示的样式：两个轨迹文件都按如下设置

箭头所指为切换文件类型，下面可点击“Create Rep”来创建图层，双击图层可隐藏（红色）

 完成后显示的样式就会和第一张图一样，也可以根据自己的需求选择相应的样式

参考：vmd显示lammpstrj文件，并可手动调节部分原子的显示大小比例（lammps的group命令&dump命令使用，vmd中cpk模式使用）