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RSS订阅原创 【Gromacs】分子动力学的mdp文件解析
主要是修改step7_production.mdp中的nsteps，GROMACS 模拟总时长（单位：ns）= nsteps × dt × 10^-3。（注：dt 单位是 ps，nsteps × dt 得到总时长 ps，1 ns = 1000 ps，因此除以 1000 转换为 ns）step6.1~6.6_equilibration.mdpNVT/NPT 平衡模拟控制平衡阶段的总时长（通常 ps 级别）step7_production.mdp生产分子动力学控制核心模拟的总时长（通常 ns 级别）
2026-03-10 16:53:55
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原创 【Pymol】界面操作基础教程（亲测）（随时更新补充）
select waters, resn TIP3 # 选中所有残基名为 TIP3的水分子。select waters, resn HOH # 选中所有残基名为 HOH 的水分子。点击右边的sele的H，选择Hide-everything。主要看我实际的水分子残基名。
2026-03-09 05:30:33
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转载 【VMD+Gromacs】用 VMD 玩转分子动力学可视化
DJJ：另外建议大家不要安装2.0测试版本，还是安装1.9的稳定版比较好。1.官网下载对应压缩包，需注册才能下载，建议用教育邮箱。我下载的是下图框起来的版本。
2026-03-07 03:01:43
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原创 活性多肽的虚拟筛选--AI工具
BIOPEP-UWM数据库（https://biochemia.uwm.edu.pl/biopep-uwm/）的使用：首页中选择Bioactive peptides--analysis--ENZYME(S) ACTION--FOR YOUR SEQUENCE--输入蛋白序列-选择合适的蛋白酶--view the report with the results。（https://services.healthtech.dtu.dk/services/AnOxPePred-1.0/）在线预测多肽的抗氧化性。
2026-01-21 23:40:04
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原创 如何在环境里同时配置tensorflow和pytorch共存
（【最新发现的方法】安装tensorflow2.4.0方法（亲测有效））2.在装好TensorFlow的环境里配置pytorch。
2026-01-14 20:17:30
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原创 PaDEL‐Descriptor软件安装和使用
其中一些是专门为分子描述符的计算而开发的（如：BlueDesc、CDK Descriptor 、DRAGON、MODEL等），也有一些QSAR软件具有计算分子描述符的功能（如： CODESSA Pro, Discovery Studio, Sybyl, MOE），此外，还有一些开源库，例如JOELib、Chemistry Development Kit (CDK)也提供了计算分子描述符的功能。弥补了上述的不足，使用java语言开发，具有可视化界面，接受多种分子文件格式。5. 点击“关闭”。
2025-11-01 00:49:50
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原创 皂苷和氨基酸反应项目
皂苷和多肽成功反应的代码，我的这个项目比较特殊，因为我甾环上的羟基并不能被成功识别，因为不是常规意识上的碱。单个皂苷和单个氨基酸调试成功的代码。
2025-06-20 05:56:57
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原创 如何使用预训练模型进行预测和筛选
2. **加载机制**：当您调用`model.load_state_dict(torch.load(model_path))`时，PyTorch需要先有一个结构相同的模型实例，然后才能将保存的权重加载到这个实例中。1. **模型结构一致性**：`.pt`或`.pth`文件只保存了模型的权重参数，而不包含模型的结构定义。使用预训练模型进行预测时，仍然需要定义与训练时相同的模型结构。是的，**预测时也必须重新定义与训练时一模一样的MLP模型结构**。1. **定义（和训练时完全一致的）MLP类结构**。
2025-06-20 01:18:23
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原创 集群使用办法
试了好多软件，最终发现是第一登录没法识别主机。然后换了好几个SSH软件，最终WindTerm软件能够勾选为 已知。可以先薛定谔软件witer出来sh脚本，然后通过这个sh脚本编写提交脚本。2.2 只能 sbatch提交脚本，不能sh xx.sh运行。首先遇到的问题是登录不上的问题，如 sbatch xx.sh。必须脚本提交，不能图形化提交。
2025-06-14 01:20:14
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原创 （linux系统）unbuntu指令大全
chmod u=rwx file --------->表示file文件的拥有者可以读写执行file文件。chmod u=rw file --------->表示file文件的拥有者可以读写file文件。chmod u-x file --------->表示file文件的拥有者不可以执行file文件。chmod a=rwx file --------->表示所有人可以读写执行file文件。ls -a -------->查看当前目录下隐藏文件 默认前面加.
2025-06-13 17:23:25
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转载 【Gormacs】Gromacs伞形采样原理
这一过程属于拉伸动力学（SMD）范畴。在拉伸过程中，上述被牵引的区域发生位移，然后挑选这期间的一些构象，以这些构象为初始帧进行独立的模拟（如图1）。值得注意的是，上文提到拉伸过程中施加的力是简谐力，其特点是当作用到拉伸物体上时，被拉伸物与施加力起点存在运动不同步现象，这主要取决于“弹簧”的弹性系数，如果弹性系数越强二者运动越同步。伞形采样选取的一系列初始构象是拉伸过程中的某一帧，它们都处于非平衡态，因此对于这些独立的模拟在进行加权分析时往往需要舍弃前几百ps不平衡的轨迹，也就是上条命令中的-b参数控制的。
2025-06-12 08:21:11
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转载 PharmMapper: 基于配体药效团的在线“反向钓靶”工具
PharmMapper 的运作思路十分巧妙：它预先计算好所有蛋白活性口袋的药效团特征。用户上传活性小分子后，仅需计算该小分子的药效团。随后，将小分子的药效团与蛋白活性口袋的药效团进行匹配并打分，最终保留打分排名靠前的受体，为确定小分子的作用靶点提供极具价值的线索。
2025-06-12 07:44:18
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原创 【Gromacs】使用伞形采样研究Her2蛋白聚集的详细操作指南
伞形采样是一种强大的增强采样技术，非常适合研究蛋白质-蛋白质相互作用。下面我将为您提供一个详细的操作指南，说明如何使用GROMACS进行伞形采样来研究Her2蛋白的聚集过程。
2025-06-12 04:40:52
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原创 【Pymol+Gromacs】分子动力学-如何使用pymol调整结构位置
第一步：选中蛋白或者分子，action-drag matrix。第二步开始拖动： Shift+按住滑轮，拖动；保存单独的两个gro文件。
2025-06-11 00:50:40
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原创 【Pymol+Gromacs】pymol手动移动分子
Setp4: 开始做动画， mset 1x200, 当前画面保存第一帧：mview store, object=4lyw, 然后重复第二个对象：mview store, object=obj01。Setp6: 定位帧数：frame 170，保存当前动画：mview store, object=4lyw, 然后重复第二个对象：mview store, object=obj01。Step1 首先 蛋白和分子分离：选中分子后，sele->A->extract object。使分子与蛋白口袋结合。
2025-06-11 00:44:33
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原创 如何使用Chemprop2.2.0
不知道为啥会一直报错，不过，通过我的fix_csv.py脚本能修成（虽然我看不出来修正前后有啥区别），输入文件重命名为了clean_data.csv，然后这个文件能成功。首先需要一个包含SMILES列和目标标签的列。训练chemprop。
2025-06-05 03:25:42
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原创 【Gromacs】DJJ：Gromacs小分子和膜分子动力学结束后，分析结果教程汇总
分子动力学结束后，第一件事就是进行周期性矫正通常跑完分子动力学后，轨迹文件中分子可能存在跨过周期性边界的情况，需要校正模拟体系的周期性。可输入以下命令校正周期性DJJ：运行完后，现在GROMACS要求您"选择用于中心化的组"(Select group for centering)，并显示了可用的组:System (系统) - 53726个元素Other (其他) - 53726个元素POPG - 20574个元素 (这是一种磷脂)POPE - 6750个元素 (这是另一种磷脂)
2025-05-22 05:44:10
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原创 【VMD+Gormacs】VMD查看蛋白质-配体的分子动力学模拟轨迹
这里的轨迹是100ns，10000帧，如图0代表第一帧，10001是最后一帧，10代表每10帧保存一帧，保存文件类型为trr，命名时候trr要自己打上。我自己的换了新电脑之后，安装1.9.4版本可以查看完整版的100ns的10000帧的轨迹，没什么问题。看动力学模拟的md.mdp文件，这些参数都是自己设置的，nsteps是总步数，nstxcout是多少步输出一帧，前者除上后者就是总的帧数。但是有一个很尴尬的问题就是，如果要保存部分轨迹，也需要加载完全部的，一般加载时候中后期电脑就崩了。
2025-05-20 17:36:57
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原创 【VMD】如何在unbuntu下安装Gromacs配套使用的VMD
然后打开configure，修改下面两行，注意。上传到服务器或者是win 11的。(在原教程基础上去掉home)（原教程有一点细节问题）文件中加入下面内容，注意。一般来说均可正常运行。
2025-05-20 04:31:52
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原创 【Gromacs】因为gromacs必须安装cuda（系统自带的NVIDIA驱动不行），这里介绍下如何安装cuda
3.取消Driver、然后选择Install（敲击空格取消Driver）1.选择continue。2.输入accept。
2025-05-05 21:48:06
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原创 【Gormacs】2025年gromacs安装教程
对应官网安装教程安装gromacs（每个版本的安装方法不一样，参考具体的版本，本安装教程参考2022.5教程）博主说：注意：重启系统后，每次运行gmx前需要输入最后的source一行。说过19.6、22.5、23.3好用，我选了22.5版本。DJJ：反正我自己不不确定，如果不行，就source一下。因为我的unbuntu系统是20版本的，依赖包版本。，点击左侧Installation guide。选择https这个下载。
2025-05-05 03:33:07
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原创 如何卸载gromacs更换版本
第二，我之前装的时候，没有安装gpu支持版的，只安装了cpu支持的，虽然可以跑，但太慢了，没有搞头。第一，我之前装的2022.5版力场版本太老了，没有charmm36只有charmm27.（在如下目录里运行sudo make uninstall，下图是已经卸载完成的）# 如果你保留了编译目录，可以在编译目录中执行。
2025-05-05 03:25:41
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原创 当使用gromcas进行分子动力学模拟时，如何兼顾系统的conda环境
博主遇到一个问题，因为之前频繁需要在unbuntu系统中，使用python脚本以及机器学习模型。但是由于conda管理的需要，我的环境长期需要停留在base或者其他conda环境。但使用gromacs一些配套工具的时候，如pymol；在base环境中无法调用安装的pymol，重新安装也没用。然后查询教程才知道，必须退出base环境，才行。重新进入base环境。
2025-05-05 00:36:09
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原创 PaDEL配置和使用
PaDELPy 是一个用于计算分子描述符和指纹的 Python 包装器，它允许用户通过 Python 直接访问 PaDEL-Descriptor 软件的命令行接口。PaDEL-Descriptor 是一个广泛使用的分子描述符计算工具，而 PaDELPy 则简化了在 Python 环境中使用该工具的过程。安装 Java Runtime Environment (JRE): 由于 PaDEL-Descriptor 是基于 Java 的，因此需要安装 JRE 6 或更高版本。
2024-11-15 22:46:57
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原创 【重装系统后重新配置3】帮老项目设置 编译器
2.conda执行程序里 找到 E:\anaconda\Scripts\conda.exe。1. python interpreter 设置conda environment。
2024-11-05 19:16:59
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原创 【重装系统后重新配置2】pycharm 终端无法激活conda环境
pycharm 终端无法激活 conda 环境，但是 Windows本地终端是可以激活的。原因是pycharm 默认的终端是 Windows PowerShell。一、在设置里，修改为cmd。
2024-11-05 11:12:12
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原创 【重装系统后重新配置1】把Anaconda从硬盘恢复方法（亲测可用）
1.首先保证安装目录文件完整2.添加系统环境变量3然后进入安装目录打开cmd命令窗口，输入一下如下命令。
2024-11-04 22:56:20
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原创 [回归指标]相关性评价：R2、PCC（Pearson’s r ）
皮尔逊相关系数是研究变量之间线性相关程度的量，R方和PCC是不同的指标。R方衡量x和y的接近程度，PCC衡量的是x和y的变化趋势是否相同。然而，由于它将每个单独的数据点与整体平均值进行比较，所以 Pearson’s r 只考虑直线。我们通常可以将两个变量之间的关系描绘成一个点云，分散在一条线的两侧。点云的分散度越大，数据越「嘈杂」，关系越弱。然而，这些变量之间的关系很显然是非随机的。幸运的是，我们有不同的相关性方法。在上面的图中，Pearson’s r 并没有显示研究对象的相关性。
2024-02-29 22:27:41
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原创 [分类指标]准确率、精确率、召回率、F1值、ROC和AUC、MCC马修相关系数
准确率（Accuracy）：正确分类的样本个数占总样本个数，精确率（Precision）(查准率)：预测正确的正例数据占预测为正例数据的比例，召回率（Recall ）(查全率)：预测为正确的正例数据占实际为正例数据的比例，F1 值（F1 score）： 调和平均值，准确率、精确率、召回率、F1 值主要用于分类场景。准确率可以理解为预测正确的概率，其缺陷在于：当正负样本比例非常不均衡时，占比大的类别会影响准确率。
2024-02-29 16:44:12
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原创 [分子指纹]关于smile结构的理解
Q2改：C1C(C(C2C(C1)(C3C(CC2)(C4(C(=CC3)C5C(CC4)(CCC(C5)(C)C)C(=O)O)C)C)C)(C)C)O[C@@H]我的案例中有个奇怪的现象，我发现。
2024-02-27 03:47:13
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原创 【shap】使用shap画图时colorbar颜色条不能正常显示
参考上面的帖子，是matplotlib版本问题，我原来的版本是3.5.0，降级回3.4.3就正常了。下面，我的shap值全是蓝色的，没有红色。（注：蓝色是负贡献，红色是正贡献）
2024-02-20 19:55:12
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