【RDKit】mol转smlie完整代码(亲测有效)

import os
from rdkit import Chem

# 指定包含MOL文件的目录路径
mol_directory = 'E:/AIDDproject/Pycharm/rdkit/sdfTOsmile'

# 获取目录中的所有MOL文件
mol_files = [f for f in os.listdir(mol_directory) if f.endswith('.mol')]

# 创建一个空的SMILES文件
output_file_name = 'output.smiles'
smiles_file = open(output_file_name, 'w')

# 遍历目录中的每个MOL文件并将其转换为SMILES格式
for mol_file in mol_files:
    mol_file_path = os.path.join(mol_directory, mol_file)
    mol = Chem.MolFromMolFile(mol_file_path)
    if mol is not None:
        # 使用Chem.MolToSmiles函数将MOL文件转换为SMILES格式
        smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
        # 写入SMILES到输出文件
        smiles_file.write(smiles + '\n')

# 关闭输出文件
smiles_file.close()

需要注意一点的是，文件目录和直接复制下来的，转折符需要换个方向

这里遇到了一个问题，生成的smile文件中，没按读取的化合物的顺序排列，带来了极大的困扰（只生成了一个总的smile文件）

修改后的代码：

import os
from rdkit import Chem

# 指定包含MOL文件的目录路径
mol_directory = 'E:/AIDDproject/Pycharm/rdkit/sdfTOsmile'

# 获取目录中的所有MOL文件
mol_files = [f for f in os.listdir(mol_directory) if f.endswith('.mol')]

# 遍历目录中的每个MOL文件并将其转换为单独的SMILES文件
for mol_file in mol_files:
    mol_file_path = os.path.join(mol_directory, mol_file)
    mol = Chem.MolFromMolFile(mol_file_path)
    if mol is not None:
        # 使用Chem.MolToSmiles函数将MOL文件转换为SMILES格式
        smiles = Chem.MolToSmiles(mol)

        # 创建一个单独的SMILES文件以保存每个MOL结构
        output_file_name = os.path.splitext(mol_file)[0] + '.smiles'
        smiles_file = open(output_file_name, 'w')
        smiles_file.write(smiles)
        smiles_file.close()

本套代码，给每个输入的mol文件，单独生成一个smile文件，不会出现乱序的问题