R语言入门-R包安装使用常见问题及解决思路

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title: “R包的安装和绘图”
output: html_document
date: “2024-03-09”

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

自行写函数 #function

jimmy <- function(a,b,m = 2){(a+b)^m} #function就是用来写函数的函数
jimmy(a = 1,b = 2) #m默认为2
jimmy(1,2)
jimmy(3,6)
jimmy(3,6,-2) #修改m为（-2）

绘图函数plot()

par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列
#如果报错，把右下角画板拉大一点即可
x = c(2,5,6,2,9);plot(x)
x = seq(2,80,4);plot(x)
x = rnorm(10);plot(x)
x = iris$Sepal.Length;plot(x) #表示调取内置参数的相关数据

• 思考：plot画iris的前四列？

plot(iris[,1],col = iris[,5])
plot(iris[,2],col = iris[,5])
plot(iris[,3],col = iris[,5])
plot(iris[,4],col = iris[,5])

• 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环 课题作图必会用到 相当于对不同板的qpdr
• 数据处理 需要自己写一个函数

jimmy <- function(i){
  plot(iris[,i],col=iris[,5])
}

jimmy(1)
jimmy(2)
jimmy(3)
jimmy(4)

R包安装

镜像安装

• 镜像的正确使用方法
  -方法一 -tools–global option package

• 清华镜像

• http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

• http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/

• 中科大镜像

• http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/

• http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

代码安装

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

• 例如自己写的函数想在R语言中随时调用 也就是在不同的project都可以使用，会打包放在网上。所以网上有很多别人写好的这就涉及到R包安装
• R包主要来源

install.packages("tidyr") #CRAN
BiocManager::install("limma") #Biocdutor
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") # Github

• #不知道一个包在上述的哪个库中 可以一个一个试 然后用library()/require()检验

R包安装遇到的问题以及解决方案

• error：package not available它不是个包/安装命令使用错误/安装包对R的版本有要求/包过时不存在

• 单个R小包的更新策略 能不更就不更 除非一直报错（高冷策略）

• 加载A包 出现B包error(没装或者版本太低需要更新) 说明A包依赖B包 要先安装B再装A

• 更新B包 取消加载-卸载-重启session-安装

• error:关键词 connection internet 是没网/校园网限制

• error: 没有装镜像/镜像崩了

• error not writable permission denied
  没有权限

• error:c:\Users??? 说明中文用户名影响装包 尽量不要用中文

• 更新R语言版本步骤

• 1.卸载R软件 2.装新版R

如果想使用一个不确定有没有被安装的包可以使用下列代码

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

• 快速获取函数的帮助文档获取帮助

?sd
library(limma)
browseVignettes("limma") #不是每个包都有 *HTML*是limma安装包放说明书的地方
ls("package:limma") #列出这个包的信息

引用自生信技能树！