R shiny: 部署时遇到报错 Unable to determine package source for Bioconductor package XXX: Repository must be

遇到的问题

在部署shiny app时遇到报错:
Unable to determine package source for Bioconductor package XXX (通过Bioc下的) : Repository must be specified
在这里插入图片描述

解决方法

官方附上的原因是因为你的repos中没有Bionconductor:
在这里插入图片描述

  1. (可能不是必要的)
    将你的R包和Bioc包都更新到最新版本。
  • 更新R可以使用installr包中的updateR()函数
  • 更新Bioc包可以看看别人的教程,我之前尝试的命令行太多了,忘记到底是哪个起的作用,不介意的话可以自己试一下。
    BiocManager::repositories(version="3.13")(3.13版本严格对应R 4.1.1版本)
    devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")
    devtools::install
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