R shiny: 部署时遇到报错 Unable to determine package source for Bioconductor package XXX: Repository must be

遇到的问题

在部署shiny app时遇到报错：
Unable to determine package source for Bioconductor package XXX (通过Bioc下的) : Repository must be specified

解决方法

官方附上的原因是因为你的repos中没有Bionconductor：

1. (可能不是必要的)
   将你的R包和Bioc包都更新到最新版本。

• 更新R可以使用installr包中的updateR()函数
• 更新Bioc包可以看看别人的教程，我之前尝试的命令行太多了，忘记到底是哪个起的作用，不介意的话可以自己试一下。
  BiocManager::repositories(version="3.13")（3.13版本严格对应R 4.1.1版本）
  devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")
devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager")
install.packages("BiocManager")

2. (必要) 将Bioc添加到repos中
   输入getOption("repos")，输出的信息应该只有CRAN库。
   
   输入setRepositories()后，再输入2，将Bioc库添加到repos中。（不知道输入别的数字行不行，我没有尝试过）
   

3. 如果没什么问题的话，经过步骤2应该就能成功部署了，但是我在部署时又遇到了新的报错，如下：
   搜了一下后，输入Sys.setenv(R_INSTALL_STAGED = FALSE)解决。

   可能还会出现你的某个包版本不是最新的报错（我没截图，这里就不附上报错信息了），将包卸载后重新安装即可。

参考

官方教程
期间还查阅了非常多谷歌讨论组、github issue以及其他网站上的问答，但是由于数量过多、时间较为久远且没有最终解决问题，就不附上链接了。