使用Pyradiomics(Python)提取图像(.nrrd)影像组学特征
一、首先要安装Python和Pyradiomics
需要注意的的是Pyradiomics需要C++支持,Microsoft C++ 生成工具可以解决
直接安装pyradiomics,pip会自动安装其他pyradiomics所需的安装包
pip install pyradiomics
二、数据格式及数据储存格式
数据格式:图像使用的是.nrrd格式储存,每个受试者两个文件,一个是图像,一个是体素感兴趣区(VOI)
数据储存格式:两个文件夹一个存放所有的图像,一个存放所有的VOI
注意:图像的命名与VOI命名如下,如test1.nrrd(图像文件)和 test1.nrrd(VOI文件)
三、组学特征提取
需要修改的是四处:1. tree1,是图像文件的地址;2. tree2,是VOI文件的地址;3. tree3,是参数配置文件,格式为.yaml;4. 特征提取结束后结果文件储存位置
import radiomics