【影像组学】用3Dslicer或Python提取影像组学特征

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1. 利用 3Dslicer 软件提取影像组学特征

1. 安装插件：SlicerRadiomics
2. 导入影像文件：breast1_label.nrrd（mask 文件） 和 breast1_image.nrrd（个人影像文件）。
   
3. 切换插件：Welcome to Slicer → Informatics → Radiomics
   
4. 设置参数（如图）：
   ◆ Select Input Volume and Segmentation
   input image Volume: breast1_image（个人影像文件）
   input regions 感兴趣区：breast1_label（mask 文件）
   ◆ Extraction Customization：Manual Custimization
   Featrue Classes 选择提取哪些类特征，如 firstorder 和 gldm
   Resampling and Filtering 重采样 → Resampled voxel size：3,3,3（体素与体素间的距离都是 3mm，建议每个方向上的体素间隔一致）→ LoG kernel sizes: 3,4 （如果使用高斯拉布拉斯滤波器，需要设置一下，可以设置多个 size)。勾选 Wavelet-based features（是否提取小波滤波器的特征）
   其他默认
   ◆ output
   output table: Table1 （修改输出表格名），设置表格名称后 Apply。
   
5. Apply 后窗口右下角产生一个表格：
   Image type：原始图像还是某种滤波器上产生的图片，前面 diagnostics 是影像的基本信息，从 log-sigma-3-0-mm-3D 开始是对特征提取有用的信息（log 滤波器，sigma size 3.0）。
   Feature class：特征分类
   
6. 导出表格：格式选择 csv。
   
7. 做影像组学研究时通常把病例作为行，特征作为列，所以需要把 csv 表格转置一下用于后续研究：全选数据 → 到新表粘贴时选择转置。
   
   

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2. 利用 python 提取影像组学特征

• 基础版：提取一个病例的特征
  需要先安装pyradiomics
  参考：【影像组学】windows系统安装pyradiomics包的问题

  # pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pyradiomics
  from radiomics import featureextractor 
  
  
  imageFile = 'file5/breast1/breast1_image.nrrd'
  maskF