RDKit|分子修改与编辑

一、初级篇

1.氢原子显示与隐藏

正常情况下，分子在rdkit中存储时，氢以隐式氢的形式存储，即不会在图片中显示出来。当需要加入氢原子时，例如要生成和优化立体结构，可以通过函数加上氢原子。

• 加氢：AddHs()
• 去氢：RemoveHs()

>>> from rdkit import Chem
>>> m = Chem.MolFromSmiles('CCO')
>>> print(m.GetNumAtoms())
3
>>> m2 = Chem.AddHs(m)
>>> print(m2.GetNumAtoms())
9
>>> m2 = Chem.RemoveHs(m2)
>>> print(m2.GetNumAtoms())
3

2.芳香键与kekule式转换

• 芳香键在Rdkit中存储类型为"AROMATIC"，可以转化为kelule式：Kekulize()

>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
>>> print(m.GetBondWithIdx(0).GetBondType())
AROMATIC
>>> Chem.Kekulize(m)
>>> print(m.GetBondWithIdx(0).GetBondType())
DOUBLE
>>> print(m.GetBondWithIdx(1).GetBondType())
SINGLE

转化后，类型中虽然变为单键和双键，但依然是芳香键

• 查看是否为芳香键：GetIsAromatic()

>>>