RDKit|使用MolDraw2DCairo模块绘制分子

最新推荐文章于 2024-03-03 22:15:21 发布

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分类专栏： rdkit 文章标签： rdkit

本文链接：https://blog.csdn.net/dreadlesss/article/details/107419783

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一、绘制png：MolDraw2DCairo

先导入所要用到的库和MolDraw2DCairo模块。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import Image

首先，创建一个Cairo drawer：Chem.Draw.rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(arg1, arg2)，同Chem.Draw.MolDraw2DCairo(arg1, arg2)
arg1和arg2分别是绘制图像的长和宽
接着，准备待绘制的分子：PrepareMolForDrawing(mol, kekulize=True ,addChiralHs=True, wedgeBonds=True, forceCoords=False)
为了画出更好看的分子，需要进行一些预处理。可以处理的选项有：计算凯库勒式、手性中心补氢、手性中心添加楔形键、生成2D坐标
开始绘制：DrawMolecule()
结束绘制：FinishDrawing()
输出结果：WriteDrawingText(file_name)

>>> mol = Chem.MolFromSmiles('[H][C@](C)(O)F')
>>> d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(400, 200)
>>> tmp = rdMolDraw2D.PrepareMolForDrawing(mol)
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