freesurfer软件提取T1像的感兴趣区的数据

#Anatomical ROI analysis

#Anatomical ROI analysis
#1. 设置路径
export SUBJECTS_DIR=/home/userboot/tutorial_data/tutorial_data_20190918_1558/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial
cd $SUBJECTS_DIR
#2. 查看皮层、皮层下分割
freeview -v 004/mri/orig.mgz \
004/mri/aparc+aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.4 \
-f 004/surf/lh.white:annot=aparc.annot

less $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt  #查看look up table (LUT)，使用'Page Up' and 'Page Down' ，'q'退出。
#3. 把自己画的和已存在的感兴趣区投射到个体空间上，首先要将以上标签注册到标准空间（fsaverage）,例如BA45脑区。
cd $SUBJECTS_DIR
mri_label2label \
  --srcsubject fsaverage \
  --srclabel $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/lh.BA45_exvivo.label \
  --trgsubject 004 \
  --trglabel 004/label/lh.BA45_exvivo.label \
  --hemi lh \
  --regmethod surface
  
--srcsubject (标准空间)
--srclabel (标准空间下的感兴趣区或标签)
--trgsubject (要处理的个体)
--trglabel (输出路径)
--regmethod (处理方法如surface或volumn) 
  
freeview -v 004/mri/orig.mgz -f 004/surf/lh.inflated
载入标签File > Load ROI lh.BA45_exvivo.label 

#基于BA45标签导出数据
mris_anatomical_stats \
-l label/lh.BA45_exvivo.label \ #感兴趣区标签
-f stats/lh.BA45_exvivo.stats \ #输出路径
004 \ #被试
lh #左脑

tail -n 2 stats/lh.BA45_exvivo.stats #查看生成数据的最后两行，-n 2表示最后两行

#4. 基于感兴趣区的组间比较
asegstats2table --subjects 004 021 040 067 080 092 \ #提取六个被试的数据，如很多可以使用 `cat ls.txt`
  --segno 11 17 18 \ #对应LUT表的left caudate, left hippocampus, and left amygdala
  --tablefile aseg.vol.table #输出文件
 less aseg.vol.table 或者gedit aseg.vol.table查看数据

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