用bash直接提取freesufer统计数据

其实很多软件都可以实现，这里介绍一种用bash直接提取统计数据的方法，比asegstats2table更灵活，而且效率也有可能更高。

使用asegstats2table

可以直接用freesurfer提供的asegstats2table命令可以提取。

很多软件的原理都是调用Freesurfer提供的asegstats2table函数。

某软件1

某软件2

自己写bash提取

自己写bash可以了解和掌控提取过程，比asegstats2table更灵活，而且效率也可能更高，不需要安装Freesurfer。了解整个过程之后就可以自己写bash批量提取需要的summary stats了。

以皮层下分割的统计文件aseg.stats为例

1. 了解stat文件

皮层下分割的统计保存在aseg.stats中，这其实是一个普通的文本文件。可以从这个文件中获得诸如左海马体的体积和它的平均强度等信息。

进入stats文件夹后使用less查看该文件(按q退出)

cd $SUBJECTS_DIR/004/stats
less aseg.stats

在文本文件的头部，会有关于运行的命令、使用的版本、运行的用户和时间等信息。

在这之后，有关于整个大脑的体积信息。

(在这里看到了Euler数的影子)

往期推荐

FreeSurfer数据质量指标：欧拉数Euler Number

这个文件的下一个部分定义了表字段名和单位，可以看到表格中每个条目的

• Segmentation Id

• Number of Voxels

• Volume, Structure Name

• Intensity normMean

• Intensity normStdDev

• Intensity normMin

• Intensity normMax

• Intensity normRange

2. 获取一个region的数据

可以使用表中unique的信息，比如StructName，查找到该行，随后输出该行的数据到csv文件即可。

使用linux的函数grep，找到某一行数据(比如Left-Caudate)

grep Left-Caudate ./aseg.stats

就可以获取该行数据

如果想获取volume的数据(从表头名称可知是第四列数据)，使用管道命令|和awk分离出第四列数据。

grep Left-Caudate ./aseg.stats | awk '{print $4}'

用printf将该值作为float输出到csv文件的单元格中，并且末尾加逗号作为分隔，如果是tsv文件就加table作为分隔。

printf "%g," `grep Left-Caudate ./aseg.stats | awk '{print $4}'` > subcorticalvol.csv

至此，核心部分就完成了，剩下的就是将region和被试写到循环中。

3. 获取多个region的数据

原理是写一个for循环

这里用以下四个region为例：

1. Left-Thalamus-Proper

2. Right-Thalamus-Proper

3. Left-Caudate

4. Right-Caudate

首先使用echo添加表头，写入被试信息，再将提取到的数据append到csv文件中。

echo 'Subid,L-thal,R-thal,L-caud,R-caud'>subcorticalvol.csv
printf "%s,"  "sub001" >> subcorticalvol.csv
for x in Left-Thalamus-Proper Right-Thalamus-Proper Left-Caudate Right-Caudate; do
printf "%g," `grep ${x} ./aseg.stats | awk '{print $4}'` >> subcorticalvol.csv
done

4. 获取多个被试多个region的数据

原理也是写一个for循环

echo 'Subid,L-thal,R-thal,L-caud,R-caud'>subcorticalvol.csv
for subj_id in $(ls -d */); do
printf "%s,"  "${subj_id%%//}" >> subcorticalvol.csv
for x in Left-Thalamus-Proper Right-Thalamus-Proper Left-Caudate Right-Caudate; do
printf "%g," `grep ${x} ./${subj_id}/stats/aseg.stats | awk '{print $4}'` >> subcorticalvol.csv
done
echo "">> subcorticalvol.csv
done

注意

• >和>>的区别

• 在每行完成后需要echo一个换行

• 在输出subid的时候，如果用${subj_id}多出一个/的话, 用${subj_id%%//}可以去除subid末尾的斜杠。

• 这里的代码用的是bash。使用 echo"$SHELL"查看当前shell的类型。
  

参考

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/AnatomicalROI#Labelfiles

https://www.runoob.com/linux/linux-comm-awk.html

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