- segmentThalamicNuclei.sh subject -----------分割双侧丘脑ROI√
- mri_segstats
- mri_segstats --seg mri/aseg.mgz --ctab $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt --excludeid 0 --sum T1.aseg.sum --i T123D.nii #
- mri_segstats --annot bert lh aparc --i lh.register_FA.mgh --sum lh.register_FA.stats ---皮层数据提取
- mri_segstats --seg mri/ThalamicNuclei.v12.T1.mgz --i mri/nu.mgz --sum thalam.sum
- ERROR: dimension mismatch between input volume and seg
- input 256 256 256
- seg 167 119 122
- mri_segstats --seg mri/ThalamicNuclei.v12.T1.FSvoxelSpace.mgz --i mri/nu.mgz --sum thalam.sum #√
- mri_segstats
freesurfer分割双侧丘脑ROI
于 2022-09-16 13:43:39 首次发布
这篇博客介绍了如何在Linux环境下利用freesurfer工具进行双侧丘脑ROI的分割。过程中提到了使用`segmentThalamicNuclei.sh`脚本来分割ROI,并通过`mri_segstats`命令进行统计分析。然而,在运行过程中遇到了输入体积与分割体积尺寸不匹配的错误。最终,通过调整`mri_segstats`命令参数解决了问题,成功生成了`thalam.sum`总结文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成