如何用GraphPadPrism绘制热图

 转自：http://www.sohu.com/a/319918959_278730

在之前的《推荐一个快速绘制热图的在线工具》、《如何用Origin绘制“聚类”热图？》和《如何用Origin绘制热图？》三篇文章中，已经为大家介绍过使用OmicShare tools和Origin绘制热图的方法，无需编程，非常简单。而GraphPad Prism也是一个非常受欢迎的科研作图软件，它也可以对数据做归一化、计算相关性、绘制热图。

我接下来为大家介绍用GraphPad Prism 绘制热图。本文所用的软件版本为Graphad Prism 8.0（官网：https://www.graphpad.com/）。

数据准备

打开软件后，通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角，新建工程文件，如下图。

在弹出的向导页面选择表格类型，表格类型选Grouped (选Multiple variables也可以)，Data table选enter or import data into a newtable，Options选第1项（如下图）。本文用到的数据结构为矩阵，6个样本中30个基因（表达量最高）的表达量，与《推荐一个快速绘制热图的在线工具》的数据完全一样。

接下来将数据粘贴到Prism的表格中，双击表格的名字(默认Data 1)改为top30，如下图。

表格数据填完后接着计算样本间的相关性系数，点上方选项栏中的Analyze按钮，分析方法选相关系数矩阵，如下：

点OK按钮后选择相关性系数的计算方法，默认计算Pearson相关系数，为了便于与之前《推荐一个快速绘制热图的在线工具》的热图进行比较，这里选Spearman相关系数。

得到的相关系数矩阵如下：

在左侧导航栏中Graphs菜单下点New Graph ...新建图表，show选择Grouped，选择HeatMap，如下图。

点OK按钮后，即可看到初步的绘制结果：

图表调整

如果不喜欢热图的颜色，双击图表，在Format Graph窗口的Color mapping选项卡下，可自由修改Colormap和颜色范围，如下图。

在Graph Settings选项，还可以设置每个格子边框的颜色、粗细，隐藏热图的边框，如下：

在Labels选项，可以让格子显示数据，还可以自定义行和列的标签，甚至设置标签的旋转角度。

Legend（图例）选项的功能也很强大，可以调整图例（主要是颜色条）的方向、位置、样式等，如下：

这是我自己尝试调出的一些图例样式，如下，不过有个小缺点是当设置刻度向外时，颜色条的两边都有刻度，不过也有解决的办法。

当然也可以让图例小一点，用鼠标调整后的效果如下：

至于Gaps选项，主要用来给热图添加gaps，比如我这里在纵向和横向都添加2个gap，设置方法如下：

得到效果如下：

这种热图的配色给人的感觉还是太“热”了，像广州的夏天。到这一步，我突然想换 “清凉”一些的颜色，于是得到下图效果：

绿色是中性色，还可以使用冷色，如蓝色：

图表导出

图表调整满意后，通过File Export Graph 导出所需格式的图片，如下图，前5种是矢量图格式，无需设置dpi。建议通过File Save保工程文件，以便反复调整。

最后，Graphad Prism可以对数据做z-score归一化，不过似乎目前不支持聚类热图的绘制。当然对于一般的热图绘制，GraphadPrism基本可以胜任，如果是想画聚类热图，你也可以使用OmicShare tools、Origin、R等其他更强大工具，今天的内容就到这里啦~