如何用GraphPad Prism 8 绘制热图？

打开软件后，通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角，新建工程文件，如下图。

在弹出的向导页面选择表格类型，表格类型选Grouped (选Multiple variables也可以)，Data table选enter or import data into a newtable，Options选第1项（如下图）。本文用到的数据结构为矩阵，6个样本中30个基因（表达量最高）的表达量。

 

接下来将数据粘贴到Prism的表格中，双击表格的名字(默认Data 1)改为top30，如下图。

 

 

表格数据填完后接着计算样本间的相关性系数，点上方选项栏中的Analyze按钮，51xxziyuan.com分析方法选相关系数矩阵，如下：

 

 

点OK按钮后选择相关性系数的计算方法，默认计算Pearson相关系数，这里选Spearman相关系数。

 

 

得到的相关系数矩阵如下：

 

 

在左侧导航栏中Graphs菜单下点New Graph ...新建图表，show选择Grouped，选择HeatMap，如下图。

 

 

点OK按钮后，即可看到初步的绘制结果：

 

 

 

图表调整

 

 

如果不喜欢热图的颜色，双击图表，在Format Graph窗口的Color mapping选项卡下，可自由修改Colormap和颜色范围，如下图。

 

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