bwa mem比对结果错误，sam文件不能被samtools识别的原因之一

最新推荐文章于 2024-07-29 11:14:19 发布
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分类专栏： bwa samtools 文章标签： ubuntu samtool view nohup
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开始接触ubuntu和生物信息分析，

作为初学者，没有人带路，属于摸石头过河

在用bwa mem比对的时候，遇到过几次sam文件不能被samtools识别，后来也不知道是什么原因就又识别了，所以也没在意，最近又遇到了，就尝试解决一下


尝试了几次发现原因主要是bwa的安装问题，我用 apt-get install bwa安装bwa，可以使用nohup bwa mem进行比对，也可以被samtools识别


因为ubuntu自带的bwa版本低一点，所以就重新下载，自己安装了一个，再次运行 nohup bwa mem的时候，sam文件中，第一行为

[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs

这样的sam文件是不能够被识别的，导致了不能进行下去了。

但是如果去掉nohup即可

我后来采用的是建立sh文件，然后nohup 运行.sh文件，运行没问题


总结如下，bwa mem比对结果错误，sam文件不能被samtools识别的原因之一是bwa安装的问题！

写这个初级的帖子，为后来人遇到同样问题的人，在百度搜索的时候能够找到能解决问题的帖子！



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bwa比对结果怎么统计比对率
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BWA（Burrows-Wheeler Alignment）是一种常用的基因组比对工具，用于将测序数据与参考基因组进行比对。在使用BWA对样本进行比对后，可以根据比对结果来计算比对率。下面是一种常用的统计方法： 首先，从BWA比对输出的文件中提取比对信息。BWA比对结果一般以SAM（Sequence Alignment/Map）格式保存，可以使用SAMtools等相关工具对比对结果进行解析和提取。 从SAM文件中，可以获得每个比对结果的相关信息，如比对的状态（比对成功或失败）、比对上的read数量等。 比对率通常被定义为成功比对的read数量占总read数量的比例。因此，可以通过计算成功比对的read数量除以总read数量得到比对率。 具体的计算步骤如下： 1. 从SAM文件中按行读取每个比对结果。 2. 对于每行结果，判断比对的状态是否为成功（比对状态通常在每行的FLAG列中标注）。 3. 如果比对成功，则成功比对的read数量加1。 4. 继续读取下一行并重复上述步骤，直到读取完所有比对结果。 5. 计算成功比对的read数量除以总read数量，并乘以100%得到比对率（以百分比表示）。 需要注意的是，统计比对率时，应该使用有效的read数量。在有些情况下，比如双端测序，一对read中的其中一条无法比对成功，但另一条可以成功比对，这种情况下，只统计比对成功的read数量。 总之，通过解析BWA比对结果的SAM文件，并统计成功比对的read数量除以总read数量，就可以得到比对率。
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