bwa mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一

开始接触ubuntu和生物信息分析,

作为初学者,没有人带路,属于摸石头过河

在用bwa mem比对的时候,遇到过几次sam文件不能被samtools识别,后来也不知道是什么原因就又识别了,所以也没在意,最近又遇到了,就尝试解决一下


尝试了几次发现原因主要是bwa的安装问题,我用 apt-get install bwa安装bwa,可以使用nohup bwa mem进行比对,也可以被samtools识别


因为ubuntu自带的bwa版本低一点,所以就重新下载,自己安装了一个,再次运行 nohup bwa mem的时候,sam文件中,第一行为

[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs

这样的sam文件是不能够被识别的,导致了不能进行下去了。

但是如果去掉nohup即可

我后来采用的是建立sh文件,然后nohup 运行.sh文件,运行没问题


总结如下,bwa mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一是bwa安装的问题!

写这个初级的帖子,为后来人遇到同样问题的人,在百度搜索的时候能够找到能解决问题的帖子!



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