bwa mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一

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作为初学者,没有人带路,属于摸石头过河

在用bwa mem比对的时候,遇到过几次sam文件不能被samtools识别,后来也不知道是什么原因就又识别了,所以也没在意,最近又遇到了,就尝试解决一下


尝试了几次发现原因主要是bwa的安装问题,我用 apt-get install bwa安装bwa,可以使用nohup bwa mem进行比对,也可以被samtools识别


因为ubuntu自带的bwa版本低一点,所以就重新下载,自己安装了一个,再次运行 nohup bwa mem的时候,sam文件中,第一行为

[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs

这样的sam文件是不能够被识别的,导致了不能进行下去了。

但是如果去掉nohup即可

我后来采用的是建立sh文件,然后nohup 运行.sh文件,运行没问题


总结如下,bwa mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一是bwa安装的问题!

写这个初级的帖子,为后来人遇到同样问题的人,在百度搜索的时候能够找到能解决问题的帖子!



BWA(Burrows-Wheeler Alignment)是一种常用的基因组比对工具,用于将测序数据与参考基因组进行比对。在使用BWA对样本进行比对后,可以根据比对结果来计算比对率。下面是一种常用的统计方法: 首先,从BWA比对输出的文件中提取比对信息。BWA比对结果一般以SAM(Sequence Alignment/Map)格式保存,可以使用SAMtools等相关工具对比对结果进行解析和提取。 从SAM文件中,可以获得每个比对结果的相关信息,如比对的状态(比对成功或失败)、比对上的read数量等。 比对率通常被定义为成功比对read数量占总read数量的比例。因此,可以通过计算成功比对read数量除以总read数量得到比对率。 具体的计算步骤如下: 1. 从SAM文件中按行读取每个比对结果。 2. 对于每行结果,判断比对的状态是否为成功(比对状态通常在每行的FLAG列中标注)。 3. 如果比对成功,则成功比对read数量加1。 4. 继续读取下一行并重复上述步骤,直到读取完所有比对结果。 5. 计算成功比对read数量除以总read数量,并乘以100%得到比对率(以百分比表示)。 需要注意的是,统计比对率时,应该使用有效的read数量。在有些情况下,比如双端测序,一对read中的其中一条无法比对成功,但另一条可以成功比对,这种情况下,只统计比对成功的read数量。 总之,通过解析BWA比对结果的SAM文件,并统计成功比对read数量除以总read数量,就可以得到比对率。
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