文章描述了在使用hisat2进行转录组比对并将结果转换为SAM文件时，由于fastq文件中第二行和第四行序列质量长度不匹配，samtools在对排序操作过程中遇到错误。报错信息提示需要检查并确保序列质量和长度的一致性。
hisat2 -t -x -p 10 ./mm39 -1 fastq1.fq -2 fastq2.fq |samtools view -Sb|samtools sort -@ 10 -m 2G -o ./test.bam
(ERR): "-p" does not exist
Exiting now ...
[main_samview] fail to read the header from "-".
samtools sort: failed to read header from "-"
#报错原因：fastq中有序列的第二行序列和第四行序列质量的长度不一致，导致错误比
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