Bioedit 使用

1. 下载：

地址一搜就有，软件界面如下

BioEdit Download - Research software utility for creating and editing biological sequences

2. 酶切位点分析

构建过表达质粒、双荧光素酶质粒必用功能。以人的MYOD1基因为例 ，分析酶切位点。

（1）首先下载FASTA格式序列信息，保存到Myod1.txt文档中

（2）File, Open打开Myod1.txt文档

 （3）选中序列—Sequence—Nucleic Acid—Restriction Map，出现酶切位点分析参数

 

  （4）view by manufacture可以看所有的内切酶的信息及其酶切位点，一般默认参数即可，选择Generate Map，生成分析结果。分析结果中有各种内切酶作用位置、酶切序列并对酶切次数进行了统计。

（5） 分析结果的最下方就是不受作用的内切酶，在质粒的众多酶切位点中在下边酶中选择两个作为酶切位点进行克隆。如应用较为广泛的pCDNA3.1(+)，可选择Afl2和EcoRI。

**需要注意的是，选择的两个酶切位点最少要间隔6个碱基**

 2. 多序列比对

（1） 下载人和小鼠的Myod1序列信息，Bioedit软件打开

（2）选中两个序列—Accessory Application—ClustalW Multiple alignment—勾选Output Clustal format with Clustal consensus sequence generation，即可生成序列比对结果

 

 

3. 生成反向互补序列与反向互补序列比对

不知道Bioedit里边可不可以直接做反向互补序列的比对，但是目前还没有看到

所以采用了一个笨方法：先生成目标序列的反向互补序列

（1）准备了两个序列，下边是正常比对的结果

>F_Seq
CAGCTACCCTCGCAACCTGCTTCTGACCTGGCGGCTCCACTCCCAGGAGAAAACAAGGATACAGCTAGCCTTTGACAATCAGTTTGGATTAGAGGAAGCGGA

>R_Seq
ATTTTCCGCTTCCTCTAATCCAAACTGATTGGCAAAGGTAACTGGATCCTTGTTTTCCCCGGGGAGTGAACCC-CCAAGTCAAAA-CAGGTT-CCAAGGTAACT

 （2）生成F_Seq或R_Seq的反向互补序列，这里我选的是F_Seq

Sequence—Nucleic Acid—Reverse Complement

之后就生成F_Seq的反向互补序列

 （3）对反向互补的F_Seq 和正常R_Seq进行多序列比对