PAGA轨迹分析报错问题

用的别人写的paga.py代码，整合了多个工作模块，无法公开，但也是调用scanpy里边的paga程序，可能出现的报错应该也差不多

1. ImportError: dlopen: cannot load any more object with static TLS

一个非常玄学的bug，不仅仅会出现在运行scanpy，在运行别的程序也可能存在同样的bug。其报错的可能原因是调用的igraph模块和之前调用的模块在加载时发生冲突，已解决，链接如下：

服务器运行scanpy报错““ImportError: dlopen: cannot load any more object with static TLS“ ”_韩建刚（CAAS-UCD）的博客-CSDN博客

 2. AttributeError: Can only use .cat accessor with a 'category' dtype

meta.data数据属性问题，举例如下：

在R中对单细胞数据分析时，meta.data中会有各种自己生成的描述性统计量，比如我的就包含samplename, seurat_clusters, annotation, cell type等，这些统计量的数据类型有的是double, integer, character和factor，这个报错的原因就出在了这里。

在进行PAGA轨迹分析时需要将R中的单细胞数据转换为.h5ad文件，作为PAGA的输入文件，PAGA在读取数据时也会进行一定的处理。在分析分化轨迹时，我们可以指定一个描述性统计量进行轨迹分析，例如seurat_clusters或celltype，此时的seurat_clusters或celltype的数据属性必须是character。生成.h5ad文件之前尽量将可能需要的描述性统计量的数据类型转换为character。

3. TypeError: sparse matrix length is ambiguous; use getnnz() or shape[0]

PAGA更倾向于对复杂的细胞类型进行轨迹分析，这个报错的原因数据量太少，细胞类型简单，矩阵稀疏，比如我的一个example数据只包含脂肪细胞和前体脂肪细胞，就出现了这种报错。这种简单的数据可以用monocle进行轨迹分析