如何选择最适转录本序列构建过表达质粒

韩建刚（CAAS-UCD）

已于 2023-09-14 18:27:51 修改

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分类专栏：实验&分析基础生信文章标签：经验分享

于 2023-09-14 17:59:27 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/flashan_shensanceng/article/details/132886141

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文章介绍了在构建绵羊PPARG基因过表达质粒时，如何通过NCBI和Uniprot数据库筛选转录本，重点关注CDs序列的选择。MANEsequence和UniPortcanonical提供了高可信度的标准，可能需要参考文献来确定最终转录本。

摘要由CSDN通过智能技术生成

以构建绵羊 PPARG 基因过表达质粒为例

主要利用的数据库有 NCBI 和 Uniprot 数据库，首先在 NCBI 检索绵羊 PPARG 基因信息，可以发现绵羊 PPARG 有8个转录本，而人就更多了，有16个转录本。这时就需要明确一个概念，构建过表达质粒使用的是 CDs 序列，转录本一般是包含CDs序列和非编码序列，因此，不同的转录本可能会有共同的CDs序列，从而大大降低选择的难度。因为除人、小鼠、果蝇等模式生物外，其他物种一般均是 Predicted mRNA，缺少必要的验证信息，因此需要引入人或小鼠的序列作为参照。