捕获 rdkit 警告

rdkit 是一个神奇的 python 包。它的函数主体部分是 C++ 写的，python 仅仅提供接口。具体到日志模块，rdkit python 中看不到源码，官方只是提供了一些函数接口供调用。

较常见的场景：

1. slience warnings:

from rdkit.rdBase import DisableLog
from rdkit import Chem


DisableLog("rdApp.*")
mol = Chem.MolFromSmiles("invalid_smiles")

rdkit 有四种级别的日志信息：
'rdApp.debug', 'rdApp.info', 'rdApp.warning', 'rdApp.error'
使用 rdApp.* 可以涵盖所有 4种

静默 rdkit 的警告信息是最常见的需求，网上教程也很多。但是捕获 rdkit 的警告信息则完全没有正确答案。

2. capture warnings
   rdkit 的日志是 C++ 的日志，无法通过 python stdout or python stderr 进行捕获。但是仔细看 rdkit.rdBase 库会发现，rdkit 提供了一个函数 WrapLogs 将日志转化为 python stderr
   后面我们就可以通过标准的 python 输出捕获模块进行捕获：

from rdkit.rdBase import DisableLog, WrapLogs
from rdkit import Chem


# DisableLog("rdApp.*")
# mol = Chem.MolFromSmiles("invalid_smiles")

WrapLogs()


import contextlib, io

f = io.StringIO()
with contextlib.redirect_stderr(f):
    mol = Chem.MolFromSmiles("invalid_smiles")

output = f.getvalue()
print('Captured info:')
print(output)

需要注意的是，有的 warning 没有经过 rdkit 的包装，如下：
!!! Warning !!! Distance between atoms 19 and 16 (0.977241 A) is suspicious.
这种情况可以归类为非正式 warning ，rdkit 会在这些 warning 后面加上正式的 warning 。