可以使用jupyter notebook直接将相同文件夹中的指定二维sdf文件得到3D格式的sdf
产生3D构象前,需要为分子添加H原子。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
sdf = Chem.SDMolSupplier('输入名称.sdf')#读入
mols = [i for i in sdf if i]
SDFfile = Chem.SDWriter('输出名称.sdf') #3D分子
for i,m in enumerate(mols):
print(i)
mol = AllChem.AddHs(m)
AllChem.EmbedMolecule(mol)
AllChem.MMFFOptimizeMolecule(mol)
SDFfile.write(mol)
SDFfile.close()