课题第三天

1. 第一步准备鉴定hcmv的core genes

2. 主要利用yanbo的blastgraph来做，首先安装blastall，按照manual提示的ftp地址，进去后没有找到需要的blastall程序，发现已经更新为blast+。

3. 下载最新的blast+套装，是rpm的格式，需要用alien -i filename.rpm来安装。

4. 在提取的cds fasta文件中，Human herpesvirus 5 strain Towne没有标识cds，无法提取大cds，已经从目录中删除，而Human herpesvirus 5 strain Towne的同名gb文件Human herpesvirus 5 strain Towne-duplicate中是有完整注释的，被保留。

5. All-to-all blast 已经运行完成，结果在178上，大小为16G，xml格式，目前正在下载中。

6. 197个genome中有部分是有重复的，列表如下：

1. Cercopithecine herpesvirus 5 isolate OCOM4
2. Panine herpesvirus 2 strain Heberling
3. Caviid herpesvirus 2 strain 21222
4. Porcine cytomegalovirus strain BJ09
5. Cercopithecine herpesvirus 5 strain 2715
6. Aotine herpesvirus 1 strain S34E
7. Human herpesvirus 5 strain Towne
8. Saimiriine herpesvirus 4 strain SqSHV
9. Ostreid herpesvirus 1
10. Human herpesvirus 5 strain Merlin

但是这些文件内容是有差异的，差异不算很大，推测是新旧版本的关系。