SRA-探索者：轻松访问Sequence Read Archive数据的工具

SRA-探索者：轻松访问Sequence Read Archive数据的工具

sra-explorerWeb application to explore the Sequence Read Archive.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sr/sra-explorer

项目介绍

SRA-探索者（SRA-Explorer）是一个基于Web的小型应用程序，旨在简化对NCBI Sequence Read Archive（SRA）中数据集的访问。该工具无需任何后台设置，即可直接在用户的浏览器中工作，提供了一个直观界面来搜索和下载数据，无论是以SRA文件形式从NCBI获取还是通过EBI ENA获取FASTQ文件。它适用于研究人员、生物信息学家以及任何需要处理或分析高通量测序数据的人士。SRA-探索者由Phil Ewels开发，并遵循GNU GPLv3许可协议。

项目快速启动

要开始使用SRA-Explorer，您有两个选择：

在线使用

直接访问SRA-Explorer网站，无需安装任何软件即可立即开始搜索SRA数据库。

下载并本地运行

1. 克隆项目

   git clone https://github.com/ewels/sra-explorer.git
   

2. 运行
   将克隆下来的index.html文件用支持HTML5的现代浏览器打开即可。不需要服务器环境。

应用案例和最佳实践

案例一：寻找特定研究数据 如果您正寻找关于人类肝部miRNA的研究数据，可以直接在SRA-Explorer中搜索关键词“human liver miRNA”。应用将列出相关实验的数据集，包括SRX号、SRR号等，便于进一步分析或下载。

最佳实践：

• 利用过滤器根据日期、平台或总碱基数精确定位数据。
• 保存经常使用的查询结果以供将来参考。
• 查看示例如GSE30567、SRP043510等，学习如何有效利用该工具。

典型生态项目

SRA-Explorer虽然强大且易于使用，但在更复杂的生物信息学工作流程中，可能需要集成进更广泛的生态系统。例如：

• nf-core/fetchngs: 这是一个Nextflow pipeline，可以自动化从多个来源（包括SRA）下载序列数据，适合大规模数据分析。
• pysradb: Python库，提供了命令行接口和DataFrame操作，用于便捷地管理和查询SRA元数据。
• fetchfastq: 简单的命令行工具，专为快速下载ENA和SRA中的FASTQ文件设计。

通过结合这些工具与SRA-Explorer，研究者能够构建高效的数据获取和预处理管道，优化他们的研究流程。

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此文档为基于SRA-Explorer项目的简要指南，帮助快速上手及理解其应用潜力。实际使用时，请参照最新版的GitHub仓库说明，因为项目可能会持续更新。

sra-explorerWeb application to explore the Sequence Read Archive.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sr/sra-explorer