SE3-Transformer-PyTorch 使用教程

SE3-Transformer-PyTorch 使用教程

se3-transformer-pytorch Implementation of SE3-Transformers for Equivariant Self-Attention, in Pytorch. This specific repository is geared towards integration with eventual Alphafold2 replication. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/se3-transformer-pytorch

1. 项目介绍

SE3-Transformer-PyTorch 是一个基于 PyTorch 实现的 SE3-Transformer 模型，专门用于处理 3D 点云和图结构数据的等变自注意力机制。该项目的核心目标是支持 Alphafold2 的复现以及其他药物发现应用。SE3-Transformer 模型在处理 3D 数据时具有等变性，这意味着当输入数据（如分子图或蛋白质结构）发生旋转或平移时，模型的输出也会相应地进行等变变换。

2. 项目快速启动

安装

首先，确保你已经安装了 Python 和 PyTorch。然后，使用 pip 安装 SE3-Transformer-PyTorch：

pip install se3-transformer-pytorch

基本使用

以下是一个简单的示例，展示如何使用 SE3-Transformer 模型：

import torch
from se3_transformer_pytorch import SE3Transformer

# 初始化模型
model = SE3Transformer(
    dim=512,  # 特征维度
    heads=8,  # 注意力头数
    depth=6,  # 层数
    dim_head=64,  # 每个头的维度
    num_degrees=4,  # 特征的多项式阶数
    valid_radius=10  # 有效半径
)

# 生成随机输入数据
feats = torch.randn(1, 1024, 512)  # 特征
coors = torch.randn(1, 1024, 3)    # 坐标
mask = torch.ones(1, 1024).bool()  # 掩码

# 前向传播
out = model(feats, coors, mask)

print(out.shape)  # 输出形状应为 (1, 1024, 512)

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

Alphafold2 复现

SE3-Transformer 模型特别适用于 Alphafold2 的复现。以下是一个简化的示例，展示如何在 Alphafold2 中使用 SE3-Transformer：

import torch
from se3_transformer_pytorch import SE3Transformer

model = SE3Transformer(
    dim=64,
    depth=2,
    input_degrees=1,
    num_degrees=2,
    output_degrees=2,
    reduce_dim_out=True,
    differentiable_coors=True
)

atom_feats = torch.randn(2, 32, 64)
coors = torch.randn(2, 32, 3)
mask = torch.ones(2, 32).bool()

refined_coors = coors + model(atom_feats, coors, mask, return_type=1)
print(refined_coors.shape)  # 输出形状应为 (2, 32, 3)

最佳实践

1. 数据预处理：确保输入数据的特征和坐标是正确对齐的，并且掩码信息是准确的。
2. 模型调优：根据具体任务调整模型的超参数，如 dim、heads、depth 等。
3. 等变性验证：在训练和测试过程中，验证模型的输出是否具有等变性，特别是在处理 3D 数据时。

4. 典型生态项目

SE3-Transformer-PyTorch 可以与其他 PyTorch 生态项目结合使用，以增强其功能和应用范围。以下是一些典型的生态项目：

1. PyTorch Geometric：用于处理图结构数据的库，可以与 SE3-Transformer 结合使用，处理分子图等数据。
2. Alphafold2：用于蛋白质结构预测的项目，SE3-Transformer 可以作为其核心组件之一。
3. DGL (Deep Graph Library)：另一个用于图神经网络的库，支持多种图操作和模型。

通过结合这些生态项目，SE3-Transformer-PyTorch 可以在更广泛的领域中发挥作用，如药物发现、材料科学等。

se3-transformer-pytorch Implementation of SE3-Transformers for Equivariant Self-Attention, in Pytorch. This specific repository is geared towards integration with eventual Alphafold2 replication. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/se3-transformer-pytorch