GATK-SV 项目使用教程

GATK-SV 项目使用教程

gatk-svA structural variation pipeline for short-read sequencing项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ga/gatk-sv

1. 项目的目录结构及介绍

GATK-SV 项目的目录结构如下：

/src: 主流程脚本
/RdTest: 深度测试脚本
/sv-pipeline: 流程中使用的各种脚本和包
/svqc: 用于检查流程指标是否在可接受范围内的 Python 模块
/svtest: 用于从模块输出生成各种汇总指标的 Python 模块
/svtk: 用于 SV 相关数据文件解析和分析的 Python 模块
/WGD: 全基因组剂量评分脚本

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要位于 /src 目录下，这些脚本是整个流程的核心部分，负责协调各个模块的执行。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要包括 Cromwell 的配置文件和 WDL 文件。Cromwell 配置文件用于定义工作流的执行选项，而 WDL 文件则定义了具体的工作流步骤和输入输出。

Cromwell 配置文件

Cromwell 配置文件通常命名为 cromwell_config.json，它包含了工作流的执行选项，例如 Google Cloud 项目 ID、Terra 计费项目 ID 等。

WDL 文件

WDL 文件定义了具体的工作流步骤和输入输出。例如，GATKSVPipelineBatch.wdl 文件定义了批处理工作流的步骤。

# GATK-SV 项目使用教程

## 1. 项目的目录结构及介绍

GATK-SV 项目的目录结构如下：

/src: 主流程脚本 /RdTest: 深度测试脚本 /sv-pipeline: 流程中使用的各种脚本和包 /svqc: 用于检查流程指标是否在可接受范围内的 Python 模块 /svtest: 用于从模块输出生成各种汇总指标的 Python 模块 /svtk: 用于 SV 相关数据文件解析和分析的 Python 模块 /WGD: 全基因组剂量评分脚本

## 2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要位于 `/src` 目录下，这些脚本是整个流程的核心部分，负责协调各个模块的执行。

## 3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要包括 Cromwell 的配置文件和 WDL 文件。Cromwell 配置文件用于定义工作流的执行选项，而 WDL 文件则定义了具体的工作流步骤和输入输出。

### Cromwell 配置文件

Cromwell 配置文件通常命名为 `cromwell_config.json`，它包含了工作流的执行选项，例如 Google Cloud 项目 ID、Terra 计费项目 ID 等。

### WDL 文件

WDL 文件定义了具体的工作流步骤和输入输出。例如，`GATKSVPipelineBatch.wdl` 文件定义了批处理工作流的步骤。

gatk-svA structural variation pipeline for short-read sequencing项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ga/gatk-sv