C2FViT 项目使用教程

C2FViT 项目使用教程

C2FViTThis is the official Pytorch implementation of "Affine Medical Image Registration with Coarse-to-Fine Vision Transformer" (CVPR 2022), written by Tony C. W. Mok and Albert C. S. Chung.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/c2/C2FViT

1. 项目的目录结构及介绍

C2FViT/
├── Data/
│   └── MNI152_T1_1mm_brain_pad_RSP.nii.gz
├── Figure/
├── Log/
├── LICENSE
├── README.md
├── Test_C2FViT_pairwise.py
├── Test_C2FViT_template_matching.py
├── Train_C2FViT_pairwise.py
├── Train_C2FViT_pairwise_semi.py
├── Train_C2FViT_template_matching.py
├── Train_C2FViT_template_matching_semi.py
└── model_weights/
    ├── C2FViT_affine_COM_pairwise_stagelvl3_118000.pth
    ├── C2FViT_affine_COM_template_matching_stagelvl3_116000.pth
    ├── C2FViT_affine_COM_pairwise_semi_stagelvl3_95000.pth
    └── C2FViT_affine_COM_template_matching_semi_stagelvl3_130000.pth

• Data/: 包含预处理的数据文件，例如 MNI152_T1_1mm_brain_pad_RSP.nii.gz。
• Figure/: 用于存放生成的图表文件。
• Log/: 用于存放训练和测试的日志文件。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的说明文档。
• Test_C2FViT_pairwise.py: 用于成对图像注册的测试脚本。
• Test_C2FViT_template_matching.py: 用于模板匹配的测试脚本。
• Train_C2FViT_pairwise.py: 用于成对图像注册的无监督训练脚本。
• Train_C2FViT_pairwise_semi.py: 用于成对图像注册的半监督训练脚本。
• Train_C2FViT_template_matching.py: 用于模板匹配的无监督训练脚本。
• Train_C2FViT_template_matching_semi.py: 用于模板匹配的半监督训练脚本。
• model_weights/: 包含预训练的模型权重文件。

2. 项目的启动文件介绍

• Test_C2FViT_pairwise.py: 用于成对图像注册的测试脚本。启动方式如下：

  python Test_C2FViT_pairwise.py --modelpath {model_path} --fixed {fixed_img_path} --moving {moving_img_path}
  

• Test_C2FViT_template_matching.py: 用于模板匹配的测试脚本。启动方式如下：

  python Test_C2FViT_template_matching.py --modelpath {model_path} --fixed /Data/MNI152_T1_1mm_brain_pad_RSP.nii.gz --moving {moving_img_path}
  

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有显式的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。例如：

• --modelpath: 指定预训练模型的路径。
• --fixed: 指定固定图像的路径。
• --moving: 指定移动图像的路径。

这些参数在启动脚本时通过命令行传递。

C2FViTThis is the official Pytorch implementation of "Affine Medical Image Registration with Coarse-to-Fine Vision Transformer" (CVPR 2022), written by Tony C. W. Mok and Albert C. S. Chung.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/c2/C2FViT