探索数据的力量： cholera——重构约翰·斯诺的霍乱地图

探索数据的力量： cholera——重构约翰·斯诺的霍乱地图

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1、项目介绍

cholera 是一个基于R语言的开源项目，旨在修正和增强对约翰·斯诺1854年伦敦霍乱地图的分析。这个包不仅修复了Dodson和Tobler在1992年数字化过程中的一些错误，还提供了一系列工具，使得数据可视化和分析更为便捷、精确。它将斯诺的地图数据重新整理，以便于更深入的研究和理解城市疾病传播模式。

2、项目技术分析

cholera 包含的功能亮点有：

• 错误修正：修复了三个病例位置错误和一条道路缺失的问题。
• 数据解构：通过两种方式“展开”数据，使分析与可视化更加简单且有意义。
• 计算和可视化泵区域：基于欧几里得距离（Voronoi细分）和步行距离来定义“泵区域”。
• 图形元素叠加：通过add*()函数，可以添加如核密度估计、Voronoi图、斯诺的Broad Street邻里和其他地标。
• 各种查找和高亮功能：针对案件、道路、水泵和路径进行操作。
• 街道名称附加：为roads数据集添加街道名称。
• 修订后的泵数据：包含第二版地图中使用的更新后的泵数据，并包括“正确”的Broad Street泵位置。
• 时间序列数据：提供两个聚合死亡率数据集，源自Vestry报告。
• 并行计算支持：适用于Linux、macOS和Windows系统。

3、项目及技术应用场景

cholera 的应用场景广泛，尤其适合历史地理数据分析、流行病学研究、公共卫生政策制定以及数据可视化的教学。它帮助研究人员复盘斯诺的经典案例，理解如何通过地图推断疾病的传播途径，同时也适用于现代城市规划和公共健康研究。

4、项目特点

• 数据准确度：修复已知的历史错误，提高数据质量。
• 易用性：“unstacking”数据结构简化分析步骤。
• 实用性：提供多种实用工具，如计算行走距离，创建泵区域等。
• 可扩展性：支持并行计算，提高处理大量数据的效率。
• 地理定位：从版本0.8.0开始，提供经度和纬度的地理参照数据和功能。

想要安装cholera包，只需简单执行以下代码：

# 从CRAN安装
install.packages("cholera")

# 或者从GitHub获取最新开发版本
remotes::install_github("lindbrook/cholera", build_vignettes = TRUE)

借助cholera，你可以亲自探索那个时代的数据，重现和验证斯诺的伟大发现，甚至在新的角度上挑战和深化我们对霍乱传播的理解。这不仅是一次回到过去的技术旅行，更是一场科学思维的洗礼。现在就加入我们，一起揭示隐藏在地图深处的故事吧！

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