Python包py-wSI使用教程

Python包py-wSI使用教程

py-wsiPython package for dealing with whole slide images (.svs) for machine learning, particularly for fast prototyping. Includes patch sampling and storing using OpenSlide. Patches may be stored in LMDB, HDF5 files, or to disk. It is highly recommended to fork and download this repository so that personal customisations can be made for your work.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py-wsi

项目介绍

py-wsi是一个专为处理全片扫描图像（如SVS格式）而设计的Python库，适用于机器学习领域，特别是那些需要快速原型设计的场景。它集成了OpenSlide用于直观且无痛的补丁采样，支持从ImageScope XML注释文件自动标注，并提供了将这些补丁及其元数据保存到Lightning内存映射数据库(LMDB)的功能，以实现快速读取。此库鼓励用户通过fork仓库来定制和添加额外功能，以便更好地适应个人项目需求。

项目快速启动

安装py-wsi

首先，推荐的方式是直接从源码安装最新版本的py-wsi，以确保获取所有最新的特性和修复。但如果你只是想快速尝试，也可以使用pip安装稳定版（请注意，这可能不是最新的版本）：

pip install py-wsi

启动你的第一个py-wsi项目

安装完成后，查看提供的Jupyter Notebook “Using py-wsi”以了解py-wsi的基本用法并开始你的项目。这本Notebook将指导你如何进行补丁采样等基本操作。

# 假设这是你尝试py-wsi的一个简化的示例
from py_wsi import WSIReader

# 初始化一个WSIReader对象
wsireader = WSIReader("path_to_your_svs_file.svs")

# 获取滑块图像的某个区域
patch = wsireader.read_region(location=(x, y), level=0, size=(width, height))

# 处理或保存这个补丁...

应用案例和最佳实践

在医疗影像分析中，py-wsi被广泛应用于训练深度学习模型，特别是在病理学图像分析中。最佳实践包括：

• 在训练前利用py-wsi对WSI进行高效的补丁采样，确保数据多样性。
• 利用LMDB存储大量补丁，加速模型训练时的数据加载速度。
• 结合OpenSlide的多级缩放特性，智能选取不同分辨率下的区域进行特征提取，提高分析的精确度。

典型生态项目

尽管py-wsi本身是一个独立的库，但它通常与其他机器学习框架如TensorFlow或PyTorch结合使用，构建端到端的医学影像分析系统。开发者可以创建自己的工作流程，集成预处理脚本、特征提取算法和模型训练步骤，形成完整的解决方案。此外，在医疗健康研究社区，py-wsi常常作为基础工具，支撑着各种疾病诊断、治疗反应评估的研究项目，促进了精准医疗的发展。

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以上就是关于py-wsi的基础使用教程，深入探索其更多高级特性和用法，建议参考其GitHub仓库中的详细文档和示例代码。

py-wsiPython package for dealing with whole slide images (.svs) for machine learning, particularly for fast prototyping. Includes patch sampling and storing using OpenSlide. Patches may be stored in LMDB, HDF5 files, or to disk. It is highly recommended to fork and download this repository so that personal customisations can be made for your work.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py-wsi