探索数字病理的未来：py-wSI —— 开源全片扫描图像处理工具

探索数字病理的未来：py-wSI —— 开源全片扫描图像处理工具

py-wsiPython package for dealing with whole slide images (.svs) for machine learning, particularly for fast prototyping. Includes patch sampling and storing using OpenSlide. Patches may be stored in LMDB, HDF5 files, or to disk. It is highly recommended to fork and download this repository so that personal customisations can be made for your work.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py-wsi

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项目介绍

py-wSI 是一个专为处理全片扫描图像（Whole Slide Images, WSI）设计的Python库，专注于支持机器学习领域的Aperio .svs文件操作。由Rebecca Stone开发并维护，它是一个强大且灵活的工具，旨在简化从大规模WSI中提取、存储和管理数据的过程。通过整合OpenSlide的强大功能，py-wSI为科研人员和开发者提供了一个与整张病理切片交互的直观平台。

项目技术分析

py-wSI当前版本为2.0，引入了两项关键新特性：将图像块保存到磁盘上的PNG格式以及以HDF5格式存储。后者是一种高效的数据存储解决方案，适用于大数据集，而前者则提供了简单直观的访问方式，满足不同用户的个性化需求。该库兼容旧版LMDB存储机制，虽然升级了功能，但确保了向前兼容性，体现了对现有代码基础的尊重与兼容性考虑。

该项目基于Python环境，依赖于一系列成熟的技术栈，包括但不限于Python 3.6.1、NumPy、LMDB、OpenSlide-Python、Shapely及h5py。这些组件的结合，使py-wSI在处理高分辨率医学影像时既高效又可靠。

项目及技术应用场景

py-wSI的应用场景极为广泛，尤其对于生物信息学、医疗AI、数字病理学等领域至关重要。在癌症研究、细胞分析、疾病诊断等方面，它可以高效地进行图像分割、特征提取和样本标记。利用其强大的功能，研究人员能够快速构建训练集，用于训练深度学习模型，从而实现病灶自动检测或病情判断。此外，HDF5的支持使得数据分析更加便捷，尤其是在需要处理大量图像数据的研究中，其高效的存取速度成为一大优势。

项目特点

1. 灵活性与可扩展性：鼓励用户通过fork仓库并添加自己的功能，支持社区驱动的持续改进。
2. 多存储选项：提供LMDB、HDF5和直接至磁盘（PNG格式）三种存储选择，适应不同的性能和资源需求。
3. 全兼容性：向后兼容的设计保障了旧有系统的平稳升级，无需担心现有工作流中断。
4. 易用性：通过Jupyter Notebook提供的示例，新手也能迅速上手，理解如何有效地使用py-wSI。
5. 文档详尽：无论是针对OpenSlide的介绍还是对各存储系统性能的分析，项目文档都提供了深入的背景信息，便于用户做出最佳选择。

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py-wSI不仅是一个工具，它是通往数字病理学和高级医疗影像分析未来之门的一把钥匙。对于任何致力于利用人工智能改善医疗健康状况的团队和个人而言，py-wSI无疑是一个值得探索的强大伙伴。立即开始您的数字化病理之旅，挖掘全片扫描图像中的无限可能！

py-wsiPython package for dealing with whole slide images (.svs) for machine learning, particularly for fast prototyping. Includes patch sampling and storing using OpenSlide. Patches may be stored in LMDB, HDF5 files, or to disk. It is highly recommended to fork and download this repository so that personal customisations can be made for your work.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/py-wsi