samblaster 项目教程

samblaster 项目教程

samblastersamblaster: a tool to mark duplicates and extract discordant and split reads from sam files.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/samblaster

1. 项目的目录结构及介绍

samblaster/
├── LICENSE.txt
├── Makefile
├── README.md
├── SAMBLASTER_Supplemental.pdf
├── samblaster.cpp
├── sbhash.cpp
└── sbhash.h

• LICENSE.txt: 项目许可证文件，采用 MIT 许可证。
• Makefile: 用于编译项目的 Makefile 文件。
• README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
• SAMBLASTER_Supplemental.pdf: 项目的补充文档。
• samblaster.cpp: 项目的主程序文件。
• sbhash.cpp: 辅助文件，用于哈希处理。
• sbhash.h: 辅助文件的头文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 samblaster.cpp。这个文件包含了主程序的逻辑，用于标记重复序列、提取不一致的读对和分割读取映射。

3. 项目的配置文件介绍

samblaster 项目没有传统的配置文件。所有的配置和选项都是通过命令行参数进行设置的。以下是一些常用的命令行选项：

• -i --input FILE: 输入的 SAM 文件，默认为标准输入（stdin）。
• -o --output FILE: 输出的 SAM 文件，默认为标准输出（stdout）。
• --removeDups: 从输出文件中移除重复的比对。
• -d --discordantFile FILE: 输出的不一致读对文件。
• -s --splitterFile FILE: 输出的分割读取映射文件。
• -u --unmappedFastq FILE: 输出的未映射或剪切的读取文件。

通过这些命令行选项，用户可以灵活地配置 samblaster 的行为。

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以上是 samblaster 项目的基本教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置方式。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 samblaster。

samblastersamblaster: a tool to mark duplicates and extract discordant and split reads from sam files.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/samblaster