samblaster 项目教程
1. 项目的目录结构及介绍
samblaster/
├── LICENSE.txt
├── Makefile
├── README.md
├── SAMBLASTER_Supplemental.pdf
├── samblaster.cpp
├── sbhash.cpp
└── sbhash.h
- LICENSE.txt: 项目许可证文件,采用 MIT 许可证。
- Makefile: 用于编译项目的 Makefile 文件。
- README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
- SAMBLASTER_Supplemental.pdf: 项目的补充文档。
- samblaster.cpp: 项目的主程序文件。
- sbhash.cpp: 辅助文件,用于哈希处理。
- sbhash.h: 辅助文件的头文件。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件是 samblaster.cpp
。这个文件包含了主程序的逻辑,用于标记重复序列、提取不一致的读对和分割读取映射。
3. 项目的配置文件介绍
samblaster 项目没有传统的配置文件。所有的配置和选项都是通过命令行参数进行设置的。以下是一些常用的命令行选项:
- -i --input FILE: 输入的 SAM 文件,默认为标准输入(stdin)。
- -o --output FILE: 输出的 SAM 文件,默认为标准输出(stdout)。
- --removeDups: 从输出文件中移除重复的比对。
- -d --discordantFile FILE: 输出的不一致读对文件。
- -s --splitterFile FILE: 输出的分割读取映射文件。
- -u --unmappedFastq FILE: 输出的未映射或剪切的读取文件。
通过这些命令行选项,用户可以灵活地配置 samblaster 的行为。
以上是 samblaster 项目的基本教程,涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置方式。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 samblaster。