实验记录 | Sambamba的安装

https://github.com/biod/sambamba/releases，在这个链接下。

下载版本号为Sambamba 0.8.0的linux压缩包（https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.8.0/sambamba-0.8.0-linux-amd64-static.gz）。

我们下载的是编译后的文件，所以在使用的时候相对更简单。

下载之后，解压文件夹。
gunzip sambamba-0.8.0-linux-amd64-static.gz
注：只有解压指令用对，才对按tab键直接弹出文件名（在linux中不同的压缩包对应于不同的解压指令）。
解压出来就算一个命令文件。我们将其移动到我们的工作目录下（用户自定）的自命名的sambamba文件夹下。

对sambamba文件夹的用户操作范围进行修改。

chmod a+x sambamba

然后，配置环境变量。

sudo vi ~/.bashrc

export PATH=/home/zxx/workplace/sambamba:$PATH

source ~/.bashrc

环境变量配置完成之后，在命令文件所在的文件夹下，将其指令文件改名为sambamba。
mv sambamba-0.8.0-linux-amd64-static sambamba

在任意路径敲入指令sambamba

得到屏幕显示结果：

sambamba 0.8.0
by Artem Tarasov and Pjotr Prins © 2012-2020
LDC 1.10.0 / DMD v2.080.1 / LLVM6.0.1 / bootstrap LDC - the LLVM D compiler (0.17.4)

Usage: sambamba [command] [args…]

Available commands:

view        view contents and convert from one format
            to another (SAM/BAM/JSON/UNPACK)
index       build index (BAI)
merge       merge files (BAM)
sort        sort file (BAM)
slice       slice file (BAM using BED)
markdup     mark or remove duplicates (BAM)
subsample   subsample (BAM)
flagstat    output statistics (BAM)
depth       output statistics (BAM)
validate    simple validator (BAM)

No longer recommended:

mpileup     parallel execution of samtools (BAM)

To get help on a particular command, call it without args.

Global options

-q          quiet mode (do not show banner)

For bug reports and feature requests see

   https://github.com/biod/

至此，sambamba软件安装完成。

安装参考链接：
（1）https://www.cnblogs.com/koujiaodahan/p/13670613.html