gmx_MMPBSA 项目使用教程

gmx_MMPBSA 项目使用教程

gmx_MMPBSAgmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gm/gmx_MMPBSA

1. 项目的目录结构及介绍

gmx_MMPBSA 项目的目录结构如下：

gmx_MMPBSA/
├── docs/
├── examples/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE.txt
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── mkdocs.yml
├── setup.cfg
├── setup.py
├── versioneer.py

目录介绍

• docs/: 包含项目的文档文件，如用户手册、API 文档等。
• examples/: 包含示例文件，帮助用户理解如何使用 gmx_MMPBSA。
• .gitattributes: 用于定义 Git 如何处理特定文件的属性。
• .gitignore: 指定 Git 应该忽略的文件和目录。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 项目的行为准则。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南，指导如何为项目贡献代码。
• LICENSE.txt: 项目的许可证文件，本项目使用 GPL-3.0 许可证。
• MANIFEST.in: 指定在打包时应该包含的文件。
• README.md: 项目的介绍和基本使用说明。
• mkdocs.yml: 用于配置 MkDocs 文档生成工具。
• setup.cfg: 包含 setuptools 的配置选项。
• setup.py: 用于安装和打包项目的脚本。
• versioneer.py: 用于管理项目版本号的工具。

2. 项目的启动文件介绍

gmx_MMPBSA 项目的启动文件是 setup.py。这个文件主要用于安装和打包项目，它包含了项目的元数据和依赖信息。

setup.py 文件内容概览

from setuptools import setup, find_packages
import versioneer

setup(
    name='gmx_MMPBSA',
    version=versioneer.get_version(),
    cmdclass=versioneer.get_cmdclass(),
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        # 依赖列表
    ],
    # 其他元数据和配置
)

启动文件功能

• 安装项目: 用户可以通过运行 python setup.py install 来安装项目。
• 打包项目: 开发者可以通过运行 python setup.py sdist bdist_wheel 来打包项目，生成源码包和 wheel 包。

3. 项目的配置文件介绍

gmx_MMPBSA 项目的配置文件主要包括 setup.cfg 和 mkdocs.yml。

setup.cfg 文件介绍

setup.cfg 文件包含了 setuptools 的配置选项，用于指定项目的各种配置，如包的元数据、脚本、扩展等。

mkdocs.yml 文件介绍

mkdocs.yml 文件用于配置 MkDocs 文档生成工具，指定文档的结构、主题和其他相关设置。

配置文件内容概览

setup.cfg

[metadata]
name = gmx_MMPBSA
version = attr: gmx_MMPBSA.__version__
description = A new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files
author = Mario Sergio Valdés Tresanco
author_email = msvaldes@gmail.com
url = https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA
license = GPL-3.0

[options]
packages = find:
install_requires =
    # 依赖列表

[options.package_data]
* = *.md, *.txt

[versioneer]
VCS = git
style = pep440
versionfile_source = gmx_MMPBSA/_version.py
versionfile_build = gmx_MMPBSA/_version.py
tag_prefix = v

mkdocs.yml

site_name: gmx_MMPBSA Documentation
nav:
  - Home: index.md
  - Installation: installation.md
  - Usage: usage.md
  - Examples: examples.md
  - API Reference: api.md

gmx_MMPBSAgmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gm/gmx_MMPBSA