gmx_MMPBSA教程--安装

gmx_MMPBSA教程

gmx_MMPBSA需要GROMACS（系列4.x.x或5.x.x或20xx.x）和AmberTools20 或 21与Python3安装在您的机器中。gmx_MMPBSA已经使用 GROMACS 4.6.7、5.1.2、2018.3和2021.3PATH进行了测试，尽管它应该可以与 中存在的任何 GROMACS 顺利运行2020.4并且与您正在使用的文件兼容。

安装

# Update conda
conda update conda

# Create a new environment and activate it
conda create -n gmxMMPBSA python=3.9 -y -q
conda activate gmxMMPBSA

# Install mpi4py and AmberTools
conda install -c conda-forge mpi4py=3.1.3 ambertools=21.12 compilers=1.2.0 -y -q

#  Install updated version of ParmEd
python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4

## Install PyQt5 required to use the GUI analyzer tool (gmx_MMPBSA_ana). Not needed for HPC
python -m pip install pyqt5

## (Optional) Install GROMACS
conda install -c bioconda gromacs==2021.3 -y -q

## 
python -m pip install gmx_MMPBSA

额外的依赖

sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev openssh-client
## 如果您收到与 Qt 插件相关的错误
sudo apt install --reinstall libxcb-xinerama0

命令行

gmx_MMPBSA -h

usage: gmx_MMPBSA [-h] [-v] [--input-file-help] 
                  [--create_input [{gb,pb,rism,ala,decomp,nmode,all}] 
                  [-O] [-prefix <file prefix>] [-i FILE] [-xvvfile XVVFILE] [-o FILE] 
                  [-do FILE] [-eo FILE] [-deo FILE] [-nogui] [-s] [-cs <Structure File>]  
                  [-ci <Index File>] [-cg index index] 
                  [-ct [TRJ [TRJ ...]]] [-cp <Topology>] [-cr <PDB File>] 
                  [-rs <Structure File>] [-ri <Index File>] [-rg index] 
                  [-rt [TRJ [TRJ ...]]] [-rp <Topology>] [-lm <Structure File>] 
                  [-ls <Structure File>] [-li <Index File>] [-lg index] 
                  [-lt [TRJ [TRJ ...]]] [-lp <Topology>] [--rewrite-output] [--clean]
                  
optional arguments:
  -h, --help               # 显示帮助界面
  -v, --version            # 打印版本
  --input-file-help        # 打印输入文件内的所有选项 (default: False)
  --create_input           # 创建选定计算类型的输入文件 (default: None)
                           # [{gb,pb,rism,ala,decomp,nmode,all}]

Miscellaneous Options:
  -O, --overwrite          # 输出文件覆盖输出(default: False)
  -prefix <file prefix>    # 中间文件的命名格式 (default: _GMXMMPBSA_)

Input and Output Files:
  -i FILE               # MM/PBSA input file. (default: None)
  -xvvfile XVVFILE      XVV file for 3D-RISM.
  -o FILE               # 输出数据文件 (default: FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat)
  -do FILE              # 能量解构输出文件 (default: FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat)
  -eo FILE              # 每帧的不同能量项输出到csv文件 (default: None)
  -deo FILE             # 输出每个残基的解构能量项到csv文件  (default: None)
  -nogui                # 在所有计算结束后不打开 gmx_MMPBSA_ana  (default: True)
  -s, --stability       # Perform stability calculation.(default: False)
  -cs <Structure File>  # 复合物的结构文件(default: None)
  -ci <Index File>      # 复合物的index文件 (default: None)
  -cg index index       # 蛋白 配体的index (default: None)
  -ct [TRJ [TRJ ...]]   # 复合物轨迹 确保轨迹已经fitted 和 消除周期性 (default: None)
  -cp <Topology>        # 复合物topol (default: None)
  -cr <PDB File>        # 参考结构(default: None)
  -rs <Structure File>  # 受体结构 (default: None)
  -ri <Index File>      # Index file of the unbound receptor. (default: None)
  -rg index             # 受体index (default: None)
  -rt [TRJ [TRJ ...]]   # 受体轨迹 (default: None)
  -rp <Topology>        # 受体轨迹 (default: None)
  -lm <Structure File>  # 配体mol2文件(default: None)
  -ls <Structure File>  # 配体结构文件 (default: None)
  -li <Index File>      # 配体index文件 (default: None)
  -lg index             # 配体index (default: None)
  -lt [TRJ [TRJ ...]]   # 配体轨迹 (default: None)
  -lp <Topology>        # 配体topol (default: None)
  -rewrite-output       # Do not re-run any calculations, just parse the output 
                        # files from the previous calculation and rewrite the
                        # output files. (default: False)
  --clean               # 清除缓存文件 (default: False)