Linux系统安装gmx_MMPBSA过程记录

这个软件我还没有开始用，先在服务器里装上，后面慢慢学习，记录一下安装过程。我是参考gmx_mmpbsa 安装+使用教程 - 知乎 (zhihu.com)  这篇文章。

1、先创建env.yml文件，跟那篇文章里一样就行。然后执行以下代码

conda env create -n gmxMMPBSA --file env.yml

首次执行这个命令的时候，报错了，如下：报错很长，我只截图了最后一部分

不过后来我又重新执行了一次这个命令，发现又行了，成功安装了env.yml文件里的所有依赖软件。可能是网络原因，导致镜像没弄好？反正最近学校的网差的很。2、激活gmx_MMPBSA环境并安装ParmEd

conda activate gmxMMPBSA   #激活环境

Valdes-Tresanco-MS/ParmEd: Parameter/topology editor and molecular simulator (github.com)

先从上面这个链接里下载好zip压缩文件，然后用FileZilla传输到服务器下的/home/user/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/     然后解压，并切换到ParmEd-master文件夹下，具体执行下面的命令即可。虽然成功安装了，但是出现了ERROR提示，好像是提示不兼容，不知道后续是否有影响。先暂时这样吧。

补充：后来我把下载的ParmEd-master.zip删掉了，重新下载了ParmEd-4.2.2.zip，又重新安装了一遍，最后就成功的下载了ParmEd 4.2.2

cd /home/用户/anaconda/envs/gmxMMPBSA/
unzip ParmEd-master.zip
cd ParmEd-master
python -m pip install . -U

3、最后输入gmx_MMPBSA --help ，能返回各种帮助命令就OK了。部分截图。