这个软件我还没有开始用,先在服务器里装上,后面慢慢学习,记录一下安装过程。我是参考gmx_mmpbsa 安装+使用教程 - 知乎 (zhihu.com) 这篇文章。
1、先创建env.yml文件,跟那篇文章里一样就行。然后执行以下代码
conda env create -n gmxMMPBSA --file env.yml
首次执行这个命令的时候,报错了,如下:报错很长,我只截图了最后一部分
不过后来我又重新执行了一次这个命令,发现又行了,成功安装了env.yml文件里的所有依赖软件。可能是网络原因,导致镜像没弄好?反正最近学校的网差的很。
2、激活gmx_MMPBSA环境并安装ParmEd
conda activate gmxMMPBSA #激活环境
Valdes-Tresanco-MS/ParmEd: Parameter/topology editor and molecular simulator (github.com)
先从上面这个链接里下载好zip压缩文件,然后用FileZilla传输到服务器下的/home/user/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/ 然后解压,并切换到ParmEd-master文件夹下,具体执行下面的命令即可。虽然成功安装了,但是出现了ERROR提示,好像是提示不兼容,不知道后续是否有影响。先暂时这样吧。
补充:后来我把下载的ParmEd-master.zip删掉了,重新下载了ParmEd-4.2.2.zip,又重新安装了一遍,最后就成功的下载了ParmEd 4.2.2
cd /home/用户/anaconda/envs/gmxMMPBSA/
unzip ParmEd-master.zip
cd ParmEd-master
python -m pip install . -U
3、最后输入gmx_MMPBSA --help ,能返回各种帮助命令就OK了。部分截图。