SciClone 项目使用教程

SciClone 项目使用教程

sciclone An R package for inferring the subclonal architecture of tumors 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/sciclone

1. 项目的目录结构及介绍

SciClone 是一个用于推断肿瘤亚克隆结构的 R 包。以下是项目的目录结构及其介绍：

sciclone/
├── DESCRIPTION        # 项目描述文件
├── LICENSE            # 项目许可证
├── NAMESPACE          # R 包的命名空间文件
├── README.md          # 项目说明文件
├── R/                 # R 源代码目录
│   ├── sciClone.R     # 主要功能实现文件
│   └── ...            # 其他 R 文件
├── man/               # 文档目录
│   ├── sciClone.Rd    # 函数文档
│   └── ...            # 其他文档文件
└── inst/              # 安装目录
    └── ...            # 其他安装相关文件

目录结构说明

• DESCRIPTION: 包含项目的元数据，如包的名称、版本、依赖关系等。
• LICENSE: 项目的许可证文件，说明项目的使用许可。
• NAMESPACE: 定义了 R 包的命名空间，控制哪些函数和对象是导出的。
• README.md: 项目的说明文件，通常包含项目的简介、安装方法和使用示例。
• R/: 包含 R 源代码的目录，主要功能实现文件位于此目录下。
• man/: 包含 R 包的文档文件，每个函数通常有一个对应的 .Rd 文件。
• inst/: 包含安装相关的文件，通常用于存放额外的资源文件。

2. 项目的启动文件介绍

SciClone 项目的启动文件是 sciClone.R，位于 R/ 目录下。该文件包含了 SciClone 包的主要功能实现。启动文件的主要功能包括：

• 导入依赖包: 在文件开头，通常会导入项目所需的依赖包。
• 定义主要函数: 文件中定义了 SciClone 包的主要函数，如 sciClone 函数，用于推断肿瘤的亚克隆结构。
• 处理输入数据: 函数会读取输入的 VAF（Variant Allele Frequency）数据、拷贝数数据等，并进行相应的处理。
• 生成输出: 函数会生成推断结果，并提供可视化输出。

3. 项目的配置文件介绍

SciClone 项目的配置文件主要是 DESCRIPTION 文件，位于项目根目录下。该文件包含了项目的元数据和依赖关系。以下是 DESCRIPTION 文件的主要内容：

Package: sciClone
Version: 1.1.0
Title: An R package for inferring the subclonal architecture of tumors
Description: This package provides tools for inferring the subclonal architecture of tumors using variant allele frequencies and copy number data.
License: GPL-3
Depends: R (>= 3.5.0), methods, IRanges, rgl, RColorBrewer, ggplot2, grid, plotrix, NORMT3, MKmisc, TeachingDemos
Imports: stats, graphics, grDevices, utils, datasets, base

配置文件说明

• Package: 项目的名称。
• Version: 项目的版本号。
• Title: 项目的简短标题。
• Description: 项目的详细描述。
• License: 项目的许可证类型。
• Depends: 项目依赖的 R 包及其版本要求。
• Imports: 项目导入的其他 R 包。

通过 DESCRIPTION 文件，用户可以了解项目的依赖关系，并确保在安装和使用 SciClone 包时满足所有依赖要求。

sciclone An R package for inferring the subclonal architecture of tumors 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/sciclone