不知道有没有朋友遇到过这个问题,安装不上sciClone。开始想要直接用conda安装,但是conda提供的安装方法总是遇到各种问题,例如网络连接不好,gcc需要更新之类的。所以考虑还是直接在R里面装。参考sciClone package - RDocumentation安装方法,有一点需要注意,可以直接从
library(devtools)
开始,因为从R3.5之后,不再支持biocLite,所以会报错。另外,由于缺乏NORMT3这个依赖包,所以需要先安装它。GitHub - genome/sciclone: An R package for inferring the subclonal architecture of tumors
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/NORMT3/NORMT3_1.0.4.tar.gz
再打开R【R语言】4种R包安装方式_镰刀韭菜的博客-CSDN博客_r语言如何安装包
install.packages("xxx/xxx/NORMT3_1.0.4.tar.gz",repos=NULL)
这样亲测就可以啦!