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公司英文名称：Kyoho Gene Technology (Beijing) Co.,Ltd.
这期分享一篇2021年6月发表在 Blood（IF=25.476）的文章，作者研究伴FLT3-ITD 突变的急性髓系白血病患者米哚妥林治疗下的克隆进化为肿瘤的药物治疗提供了新的研究方向。
该文章使用桓峰基因公众号里面基因组分析，肿瘤克隆进化分析并结合临床特征的教程即可实现，有需要类似思路的老师可以联系我们！
首选看下转录分析教程整理如下：
肿瘤克隆进化分析
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基因组生信分析教程
DNA 1. Germline Mutation Vs. Somatic Mutation 傻傻分不清楚
DNA 2. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools
DNA 3. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftools
DNA 4. SCI 文章中基因组的突变信号（maftools）
DNA 6. 基因组变异之绘制精美瀑布图（ComplexHeatmap）
DNA 7. 基因组拷贝数变异分析及可视化 (GISTIC2.0)
DNA 8. 癌症的突变异质性及寻找新的癌症驱动基因(MutSigCV)
DNA 10. 识别癌症驱动基因 (OncodriveCLUST)
DNA 11. 识别肿瘤蛋白质三维结构上突变热点(HotSpot3D)
DNA 12. SCI 文章绘图之全基因组关联分析可视化(GWAS)
肿瘤克隆进化分析教程
我们在桓峰基因公众号也推出克隆进化分析教程，从组织到单细胞的克隆进化分析都有介绍，供大家参考：
摘 要
在国际随机 3 期 AML 试验(60 岁以下 FLT3 患者的随机 AML 试验)中，多激酶抑制剂 midostroin 显著提高了18 - 59岁 FLT3 突变急性髓系白血病 (AML) 患者的总体和无事件生存期。然而，米多司妥林组只有59%的患者达到了协议指定的完全缓解(CR)，几乎一半达到 CR 的患者复发。为了探索耐药的潜在机制，我们研究了 FLT3 -内部串联复制 (ITD) 阳性 AML 患者的克隆进化模式，这些患者参加了批准或德国-奥地利急性髓系白血病研究组 16-10 试验，并接受了米朵斯妥林治疗。为此，我们对54例患者在确诊时和复发或难治性疾病时获得的配对样本进行了分析，使用传统的Genescan-based testing 的 FLT3-ITD 检测和全外显子组测序。在耐药性或疾病进展期间，近一半的患者 (46%) FLT3-ITD 呈阴性，但获得了信号通路 (如 MAPK) 的突变，从而提供了新的增殖优势。在 FLT3-ITD 持续的病例中，有11%的耐药 ITD 克隆被发现为疾病的潜在驱动因素。在 32% 的病例中，未观察到 FLT3- ITD 突变变化，这表明要么是耐药机制绕过了 FLT3 的抑制，要么是由于药物水平不足而失去了midosteoin抑制活性。总之，我们的研究为 FLT3-ITD 突变 AML 在米朵妥林联合强化化疗治疗下的克隆进化和耐药机制提供了新的见解。
生信分析流程
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相关数据准备
数据集选择：75 patients that were FLT3-ITD positive
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实验技术选择：WES
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生信分析方法：
我们从文章的分析流程中提取所有的分析内容，整理出来就 4 个分析条目，每个条目都包括分析的内容，这些分析构成了整个文章，本文属于生信分析结合实验验证的文章，下面我们就看看哪些分析可以利用桓峰基因公众号的教程来实现，点击分析条码就会跳转到对应公众号的教程，跟着教程做，您也能发轻松发高分，如下：
- FLT3-ITD在诊断和疾病进展时的特征
2. 成对诊断/疾病进展样本中的WES
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通径分析（GSEA）
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血浆抑制活性测定
5. 复发基因突变的验证
研究结果
1. 米朵妥林治疗患者FLT3-ITD克隆在诊断和疾病进展时的分子特征
研究的第一个目的是基于 FLT3-ITD 在诊断和疾病进展时的常规基因分析来确定可能与治疗耐药性相关的分子特征。因此，我们比较了54例midostrain治疗的患者的FLT3-ITD诊断与复发/难治性疾病之间的特征，并将结果与对照组进行比较。
这部分我们可以瀑布图绘制方法中 maftools 或者 complexheatmap 软件包进行数据的统计以及热图的绘制：
2. 检测到的体细胞突变的分布WES用于诊断和疾病进展
WES 的中位数覆盖率为110X，我们在所有诊断和疾病进展样本中共发现900个突变(米朵妥林治疗的复发/难治性疾病，n = 575;对照组，n = 325)。
A图绘制方法：Venn图
B图绘制方法：箱图
C图绘制方法：柱状图
3. FLT3-ITD阳性AML在诊断和疾病进展时的突变普
在米朵妥林治疗的患者中，最大的类定义基因组改变为NPM1(54例中有19例;35%)突变，其次是染色质和RNA剪接基因突变(54例中有7例;13%)。54例患者中有16例(29%)在诊断时除FLT3-ITD外无其他分级驱动因素。
A图绘制方法：柱状图
B图绘制方法：瀑布图 （maftools or complexheatmap）
4. FLT3-ITD 阳性AML在诊断和疾病进展时的克隆进化
分析诊断时突变、CR和复发/难治性疾病的VAFs，我们可以评估治疗过程中的克隆进化，并考虑到FLT3-ITD状态和诊断时的变化以及midostrain治疗期间的疾病进展，区分3种主要模式：
在治疗期间接受米朵妥林并复发的患者中，我们发现患者(1)复发疾病的诊断性FLT3- ITD 克隆持续存在，因此提示FLT3- ITD 克隆要么被米朵斯托林抑制不足(例如，由于不依从性或药代动力学差)，要么是绕过FLT3抑制的耐药机制导致治疗失败(图4A);(2) FLT3-ITD无性系在诊断和复发之间的组成变化，提示最初的无性系对治疗敏感，其他FLT3-ITD无性系参与疾病复发(图4B);(3)复发时FLT3-ITD缺失，提示其他耐药机制(图4C)
A-C图绘制方法：桓峰基因公众号提供系统的分析流程和结果解读教程
在难治性疾病患者中，我们观察到类似的情况:(1)在治疗期间，FLT3-ITD载体克隆被成功抑制，而其他突变持续存在(图5A-B)或(2) FLT3-ITD 与共发生突变一起逃避治疗，这些突变在诊断时已经存在 (图5C)或在难治性疾病中生长(图5D)。
最近有很多同学在咨询我肿瘤克隆进化，或者其他物种的克隆进化该怎么怎么分析，之前我给大家分享了两套分析克隆进化的流程，但是由于属于高级别的代码，好多同学只是停留在初级水平，所以有好多看不懂，而且一直在报错，自己又解决不了，那么这一系列的困惑和不解都将在我们这次直播课程中一次性解决，快速完成老板交给的任务，快速完成 SCI 论文，快速发高分，快速开始美好的明天，来我直播间，姐姐带你飞！
直播课程主要内容如下：
第一节：肿瘤克隆进化概念
第二节：肿瘤克隆进化的基本过程
第三节：肿瘤克隆进化的不同模式
第四节：肿瘤克隆进化的生信分析流程
1. Pyclone+ citup+ Timespace(倾向具有CNV数据);
2. sciClone+ clonevol + fishplot（只具有体细胞突变位点）
第五节：肿瘤克隆进化生信结果的解读
第六节：肿瘤克隆进化相关文献的解读
报名方式：
扫码加微信，进入桓峰基因生信交流群，获得更多学习资源！！
直播时间：2022年11月18日，下午3：00
直播方式：视频号扫码参与活动发布通知
直播赠送：代码和永久答疑
培训费用：免费
将直播预约图片转发朋友圈并配文“桓峰基因，铸造更强的你！”，截图给小编，将会获得桓峰基因进阶阶段学习源代码和数据，助力 SCI 高分文章！
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References:
Schmalbrock LK, Dolnik A, Cocciardi S, et al. Clonal evolution of acute myeloid leukemia with FLT3-ITD mutation under treatment with midostaurin. Blood. 2021;137(22):3093-3104. doi:10.1182/blood.2020007626
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