dropSeqPipe 开源项目教程
1. 项目的目录结构及介绍
dropSeqPipe 是一个用于单细胞RNA测序预处理的Snakemake工作流程。项目的目录结构如下:
dropSeqPipe/
├── config/
│ ├── config.yaml
│ └── samples.tsv
├── workflow/
│ ├── rules/
│ ├── scripts/
│ └── envs/
├── resources/
│ └── reference_genomes/
├── logs/
├── results/
└── README.md
- config/: 包含配置文件和样本文件。
config.yaml
: 主配置文件,包含工作流程的所有参数。samples.tsv
: 样本文件,列出所有样本及其相关信息。
- workflow/: 包含工作流程的核心文件。
rules/
: 包含Snakemake规则文件。scripts/
: 包含自定义脚本。envs/
: 包含Conda环境文件。
- resources/: 包含参考基因组文件。
reference_genomes/
: 存放参考基因组文件的目录。
- logs/: 存放日志文件。
- results/: 存放结果文件。
- README.md: 项目说明文件。
2. 项目的启动文件介绍
dropSeqPipe 的启动文件是 Snakefile
,位于 workflow/
目录下。启动文件的主要作用是定义工作流程的规则和依赖关系。
workflow/
├── Snakefile
├── rules/
├── scripts/
└── envs/
- Snakefile: 主启动文件,定义了工作流程的所有步骤和依赖关系。
3. 项目的配置文件介绍
dropSeqPipe 的配置文件主要有两个:config.yaml
和 samples.tsv
。
config.yaml
config.yaml
文件位于 config/
目录下,包含工作流程的所有参数。以下是一些关键参数的介绍:
FILTER:
barcode_whitelist: name_of_your_whitelist_file
cutadapt:
adapters-file: name_of_your_adapter_file.fa
- FILTER: 过滤参数。
barcode_whitelist
: 条形码白名单文件名。cutadapt
: 适配器文件参数。adapters-file
: 适配器文件名。
samples.tsv
samples.tsv
文件位于 config/
目录下,列出所有样本及其相关信息。以下是一个示例:
sample_id fastq_1 fastq_2 barcode_1 barcode_2
sample1 file1.fq file2.fq BC1 BC2
sample2 file3.fq file4.fq BC3 BC4
- sample_id: 样本ID。
- fastq_1: 第一个FASTQ文件。
- fastq_2: 第二个FASTQ文件。
- barcode_1: 第一个条形码。
- barcode_2: 第二个条形码。
以上是 dropSeqPipe 开源项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。