dropSeqPipe 开源项目教程

dropSeqPipe 开源项目教程

dropSeqPipeA SingleCell RNASeq pre-processing snakemake workflow项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/dr/dropSeqPipe

1. 项目的目录结构及介绍

dropSeqPipe 是一个用于单细胞RNA测序预处理的Snakemake工作流程。项目的目录结构如下：

dropSeqPipe/
├── config/
│   ├── config.yaml
│   └── samples.tsv
├── workflow/
│   ├── rules/
│   ├── scripts/
│   └── envs/
├── resources/
│   └── reference_genomes/
├── logs/
├── results/
└── README.md

• config/: 包含配置文件和样本文件。
  • config.yaml: 主配置文件，包含工作流程的所有参数。
  • samples.tsv: 样本文件，列出所有样本及其相关信息。
• workflow/: 包含工作流程的核心文件。
  • rules/: 包含Snakemake规则文件。
  • scripts/: 包含自定义脚本。
  • envs/: 包含Conda环境文件。
• resources/: 包含参考基因组文件。
  • reference_genomes/: 存放参考基因组文件的目录。
• logs/: 存放日志文件。
• results/: 存放结果文件。
• README.md: 项目说明文件。

2. 项目的启动文件介绍

dropSeqPipe 的启动文件是 Snakefile，位于 workflow/ 目录下。启动文件的主要作用是定义工作流程的规则和依赖关系。

workflow/
├── Snakefile
├── rules/
├── scripts/
└── envs/

• Snakefile: 主启动文件，定义了工作流程的所有步骤和依赖关系。

3. 项目的配置文件介绍

dropSeqPipe 的配置文件主要有两个：config.yaml 和 samples.tsv。

config.yaml

config.yaml 文件位于 config/ 目录下，包含工作流程的所有参数。以下是一些关键参数的介绍：

FILTER:
  barcode_whitelist: name_of_your_whitelist_file
  cutadapt:
    adapters-file: name_of_your_adapter_file.fa

• FILTER: 过滤参数。
  • barcode_whitelist: 条形码白名单文件名。
  • cutadapt: 适配器文件参数。
    • adapters-file: 适配器文件名。

samples.tsv

samples.tsv 文件位于 config/ 目录下，列出所有样本及其相关信息。以下是一个示例：

sample_id    fastq_1    fastq_2    barcode_1    barcode_2
sample1      file1.fq  file2.fq  BC1         BC2
sample2      file3.fq  file4.fq  BC3         BC4

• sample_id: 样本ID。
• fastq_1: 第一个FASTQ文件。
• fastq_2: 第二个FASTQ文件。
• barcode_1: 第一个条形码。
• barcode_2: 第二个条形码。

以上是 dropSeqPipe 开源项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

dropSeqPipeA SingleCell RNASeq pre-processing snakemake workflow项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/dr/dropSeqPipe