Picard 工具包安装与使用指南

Picard 工具包安装与使用指南

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pica/picard

Picard 是由Broad Institute提供的一款基于Java的命令行工具集，专门用于处理高通量测序（HTS）数据及其SAM/BAM/CRAM和VCF等格式文件的操纵。本指南旨在帮助用户了解如何下载、配置并使用Picard工具，特别关注其目录结构、关键文件以及基本配置。

1. 项目目录结构及介绍

虽然指定的链接是https://github.com/ServiceNow/picard.git，但请注意实际Picard项目位于https://github.com/broadinstitute/picard。由于错误地提供了ServiceNow的仓库地址，这里我们参照正确的仓库来说明一般开源项目可能拥有的目录结构：

在正常的GitHub仓库中，Picard的目录结构大致如下：

• src: 包含项目的源代码，分为不同的子目录（如main和test），其中main下是主要的应用逻辑代码。
• docs: 文档目录，包含了项目说明书、API文档等。
• scripts: 可能包含一些脚本文件，便于开发或自动化测试。
• LICENSE: 许可证文件，描述软件使用的许可证类型（Picard是MIT License）。
• README.md: 项目的主要读我文件，通常包括快速入门指导。
• build.gradle 或其他构建文件：定义了项目构建规则，如果是Maven项目则可能是pom.xml。

2. 项目的启动文件介绍

Picard工具并不以传统意义的“启动文件”运行，而是通过Java命令行接口执行。核心的运行依赖是一个名为picard.jar的文件，它包含了所有命令行工具。用户不需要直接启动任何特定的“主类”，而是通过Java命令 -jar picard.jar ToolName [options] 来调用不同的工具功能，例如验证BAM文件的完整性时会使用ValidateSamFile工具。

3. 项目的配置文件介绍

Picard工具本身不依赖于一个固定的全局配置文件，它的配置更多体现在命令行参数上。每个工具在执行时可以通过参数传递具体的配置选项，比如输入输出路径、过滤条件等。尽管如此，在使用过程中，用户可能会创建自己的脚本或环境变量设置（例如JAVA_OPTS, PICARD指向jar的路径），这些可以视为间接的“配置”。

示例配置实践

• 环境变量配置: 用户常设PICARD=/path/to/picard.jar来简化命令行使用。
• 实例级配置: 使用时直接通过命令行参数指定配置，如java -jar $PICARD MarkDuplicates I=input.bam O=output.bam M=metrics.txt。

总结而言，Picard的使用更侧重于命令行交互而非传统配置文件管理。确保Java环境满足需求，并掌握其工具的命令行语法，是有效利用Picard的关键。

picard PICARD - Parsing Incrementally for Constrained Auto-Regressive Decoding from Language Models. PICARD is a ServiceNow Research project that was started at Element AI. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pica/picard