MIMIC代码库教程

MIMIC代码库教程

mimic-codeMIMIC Code Repository: Code shared by the research community for the MIMIC family of databases项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/mimic-code

1. 项目目录结构及介绍

MIMIC代码库的目录结构分为多个部分，用于存储和管理与MIMIC数据库相关的一系列代码和资源。

buildmimic

这个目录包含了构建和处理MIMIC数据集的脚本。

concepts

概念文件夹包含各种概念的实现，如患者病程的持续时间计算。

tests

测试目录用于存放对代码功能进行验证的单元测试。

websites

网站源码，用于展示项目信息和提供访问指南。

.gitignore 和 .gitmodules

这两个文件分别定义了Git中忽略的文件列表和子模odule的相关设置。

LICENSE 和 README.md

许可证文件描述了项目的授权方式，而README文件提供了项目的概述和入门指导。

src/mimic_utils

此目录包含了与处理MIMIC数据相关的实用工具函数。

mimic-iv-*

这些子目录是针对MIMIC-IV数据库的不同组成部分，如临床图像（cxr）、急诊室数据（ed）等。

2. 项目的启动文件介绍

由于MIMIC代码库是一个复杂的项目集合，没有一个单一的启动文件来运行整个项目。不同任务有各自的入口点，例如，要创建特定视图或执行数据分析，你需要找到对应的SQL脚本或Python脚本执行。

例如，如果你想要创建一个名为ventdurations的通风时长视图，可以查找位于concepts/durations/ventilation_durations.sql的SQL文件并执行它。

3. 项目的配置文件介绍

MIMIC代码库没有一个标准的全局配置文件。然而，在某些脚本或应用程序中，可能需要个别配置参数。例如，当你在本地运行构建脚本时，可能需要提供数据库连接信息，这通常是通过命令行参数传递的。

例如：

python buildmimic.py --db_connection "your_db_connection_string"

具体配置细节将取决于你要使用的具体部分和其文档说明。

请注意，实际的配置过程可能会涉及到对云平台（如Google Cloud Platform或Amazon Web Services）的认证设置，这些通常在PhysioNet个人资料中进行管理，并通过项目页面请求访问权限。

为了更深入地了解如何使用MIMIC代码库，建议查阅官方文档以及项目中的README文件和示例脚本。

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