clustree 项目使用教程

clustree 项目使用教程

clustreeVisualise Clusterings at Different Resolutions项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cl/clustree

项目介绍

clustree 是一个用于可视化不同分辨率下聚类结果的 R 包。它通过构建聚类树来展示细胞在不同聚类分辨率下的移动情况，帮助研究者选择合适的聚类数目。clustree 特别适用于单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的分析。

项目快速启动

安装 clustree

首先，确保你已经安装了 R 环境。然后，你可以通过以下命令安装 clustree：

# 安装 CRAN 版本
install.packages("clustree")

# 或者安装开发版本
install.packages("remotes")
remotes::install_github("lazappi/clustree@develop")

基本使用

以下是一个简单的示例，展示如何使用 clustree 绘制聚类树：

library(clustree)
library(scater)

# 加载示例数据
data("sc_example_counts")
data("sc_example_cell_info")

# 创建 SingleCellExperiment 对象
sce <- SingleCellExperiment(assays = list(counts = sc_example_counts),
                            colData = sc_example_cell_info)

# 进行聚类
sce <- runPCA(sce)
sce <- runUMAP(sce)
sce <- clusterCells(sce, use.dimred = "PCA")

# 绘制聚类树
clustree(sce, prefix = "Cluster")

应用案例和最佳实践

应用案例

clustree 在单细胞 RNA 测序数据分析中非常有用。例如，研究者可以使用 clustree 来可视化不同分辨率下的聚类结果，从而选择最佳的聚类数目。以下是一个具体的应用案例：

# 加载 Seurat 包
library(Seurat)

# 创建 Seurat 对象
seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = sc_example_counts, meta.data = sc_example_cell_info)

# 进行标准化和特征选择
seurat_obj <- NormalizeData(seurat_obj)
seurat_obj <- FindVariableFeatures(seurat_obj)

# 进行 PCA 和聚类
seurat_obj <- RunPCA(seurat_obj)
seurat_obj <- FindNeighbors(seurat_obj)
seurat_obj <- FindClusters(seurat_obj, resolution = c(0.4, 0.6, 0.8, 1.0, 1.2))

# 绘制聚类树
clustree(seurat_obj, prefix = "RNA_snn_res.")

最佳实践

• 选择合适的分辨率：通过 clustree 可视化不同分辨率下的聚类结果，选择最合适的分辨率。
• 结合其他指标：可以结合其他聚类稳定性指标（如 SC3 稳定性指数）来辅助选择最佳聚类数目。

典型生态项目

clustree 通常与其他单细胞 RNA 测序数据分析工具一起使用，例如：

• Seurat：一个强大的单细胞 RNA 测序数据分析工具包。
• SingleCellExperiment：用于存储和操作单细胞数据的 R 包。
• scater：用于单细胞 RNA 测序数据的质量控制和可视化。

通过这些工具的结合使用，可以更全面地分析和理解单细胞 RNA 测序数据。

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