BiomedGPT 开源项目使用教程

BiomedGPT 开源项目使用教程

BiomedGPT BiomedGPT: A Unified and Generalist Biomedical Generative Pre-trained Transformer for Vision, Language, and Multimodal Tasks 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BiomedGPT

1. 项目介绍

BiomedGPT 是一个通用的视觉-语言基础模型，专门为多样化的生物医学任务设计。该项目通过多模态和多任务的生物医学数据集进行预训练和微调，旨在提供一个强大的工具来处理各种生物医学任务。BiomedGPT 的详细数据集信息可以在 datasets.md 文件中找到。

2. 项目快速启动

2.1 环境准备

首先，确保你已经安装了 conda 和 pip。然后，按照以下步骤进行操作：

# 克隆项目仓库
git clone https://github.com/taokz/BiomedGPT.git
cd BiomedGPT/

# 创建并激活 conda 环境
conda create --name biomedgpt python=3.7.4
conda activate biomedgpt

# 安装依赖包
python -m pip install pip==21.2.4
pip install -r requirements.txt

2.2 快速启动

为了快速启动 BiomedGPT，你可以使用 Huggingface 的 transformers 库进行推理。请注意，虽然我们提供了 Fairseq-free 推理的 Colab 笔记本，但由于尚未进行广泛的实验，我们无法确认 transformers 和 fairseq 的结果是否完全一致。

# 使用 Huggingface 的 transformers 进行推理
python -m transformers.pipelines --model biomedgpt --task vqa

3. 应用案例和最佳实践

3.1 视觉问答 (VQA)

BiomedGPT 在视觉问答任务中表现出色。你可以使用预训练的模型进行零样本推理，或者对模型进行微调以适应特定任务。

# 零样本推理
python scripts/vqa/evaluate_vqa_rad_zero_shot.sh

# 微调
python scripts/vqa/train_vqa_rad_beam.sh

3.2 图像描述生成

BiomedGPT 还可以用于生成图像描述。你可以使用以下脚本进行微调和推理。

# 微调
python scripts/caption/train_peir_gross.sh

# 推理
python scripts/caption/evaluate_peir_gross.sh

4. 典型生态项目

4.1 OFA

OFA 是一个开源的框架，BiomedGPT 基于此框架构建。OFA 提供了丰富的工具和库，帮助开发者快速构建和训练视觉-语言模型。

4.2 Fairseq

Fairseq 是 Facebook AI Research 开发的一个序列到序列建模工具包，BiomedGPT 也使用了 Fairseq 进行模型的训练和推理。

4.3 Huggingface Transformers

Huggingface 的 transformers 库是一个广泛使用的自然语言处理工具包，BiomedGPT 提供了与 transformers 兼容的权重，方便用户进行快速推理和微调。

通过这些生态项目，BiomedGPT 能够更好地与其他工具和库集成，提供更强大的功能和灵活性。

BiomedGPT BiomedGPT: A Unified and Generalist Biomedical Generative Pre-trained Transformer for Vision, Language, and Multimodal Tasks 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BiomedGPT