DeepLung: 自动肺结节检测和分类的深度3D双路径网络
1. 项目介绍
DeepLung是一款开源软件,利用深度学习技术,特别是3D卷积神经网络(CNN),来自动检测和分类肺部CT扫描中的肺结节。此项目由Wentao Zhu等人开发,并在IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision (WACV) 2018上发表。其设计目标是实现与经验丰富的医生相媲美的性能,帮助医疗专业人员提高诊断效率。
2. 项目快速启动
环境配置
确保你的系统满足以下依赖:
- Ubuntu 14.04
- Python 2.7
- CUDA 8.0
- cuDNN 5.1
- h5py (2.6.0)
- SimpleITK (0.10.0)
- numpy (1.11.3)
- nvidia-ml-py (7.352.0)
- matplotlib (2.0.0)
- scikit-image (0.12.3)
- scipy (0.18.1)
- pyparsing (2.1.4)
- PyTorch (0.1.10+ac9245a)(推荐使用Anaconda)
数据准备
下载并预处理数据:
模型训练
修改config_training.py
中的参数以适应你的设置,然后运行训练脚本:
python train.py
结果评估
完成训练后,可以使用测试数据集评估模型性能。
3. 应用案例和最佳实践
- 利用DeepLung进行大规模肺结节筛查,减少医生的工作量。
- 将DeepLung作为辅助工具,提升读片速度和准确性。
- 对新开发的3D CNN架构进行实验,以优化检测性能。
最佳实践包括:
- 在足够大的数据集上训练模型以避免过拟合。
- 使用验证集对超参数进行调优。
- 定期保存模型权重以捕获最佳性能。
4. 典型生态项目
- TensorFlow: 虽然DeepLung基于PyTorch,但可以与TensorFlow生态系统中的其他库结合,如TensorBoard用于可视化训练过程。
- Kaggle: 参与相关的肺部疾病预测竞赛,例如肺结节检测挑战,以对比和改进DeepLung的表现。
- Medical Image Analysis Repositories:如MIDAS或Open-i,这些资源提供了更多医学图像数据集,可用于扩展研究。
要了解更多详细信息和最新更新,请访问项目GitHub仓库:https://github.com/uci-cbcl/DeepLung.git