MiloR 开源项目使用教程

MiloR 开源项目使用教程

miloRR package implementation of Milo for testing for differential abundance in KNN graphs项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miloR

1. 项目目录结构及介绍

MiloR 是一个基于 R 语言实现的包，专为单细胞数据的差异丰度分析而设计，它利用 KNN 图进行统计推断。以下是该GitHub仓库的基本目录结构及其简介：

• man: 包含了R函数的帮助文档，对于每一个公开的函数都有详细的使用说明。
• src: 存放C++或R原生代码，其中可能包含了实现核心算法的部分。
• testthat: 自动化测试脚本所在目录，确保每次更新后功能的正确性。
• vignettes: 教程和示例文档存放处，提供了如何使用MiloR的详细指南。
• .gitignore: 指定了版本控制中应该忽略的文件类型或文件夹。
• DESCRIPTION: 包含了包的元数据，如名称、作者、依赖项等。
• NAMESPACE: 定义了包的公共接口，哪些函数对外可用。
• R: R语言编写的源码文件，实现了Milo的核心功能。
• docs: 可能包含额外的文档或自动生成的HTML帮助文件。
• inst: 通常用于存放包运行时所需的外部资源文件。
• LICENSE: 许可证文件，表明了软件的使用权限，MiloR遵循GPL-3.0许可证。

2. 项目的启动文件介绍

在R环境中使用MiloR并不直接涉及到“启动文件”，但安装和加载该包是开始使用的首要步骤。可以通过以下命令来安装稳定版（推荐）或开发版：

if (requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
    BiocManager::install("miloR")
}
# 或者安装开发中的版本
devtools::install_github("MarioniLab/miloR", ref="devel")

一旦安装完成，通过 library(miloR) 加载到当前R会话中即可开始使用。

3. 项目的配置文件介绍

MiloR的配置更多体现在创建milo对象时指定的参数和设计矩阵中，而不是传统意义上的独立配置文件。例如，在进行差异丰度分析时，您需要构建KNN图并设置实验设计，这通常通过R代码直接实现，而非通过外部配置文件。以下是一个简化的示例，展示如何准备这样的“配置”：

# 假设data和designMatrix已准备好
milo_obj <- milo(data, k=15)
design <- ~ Condition
milo_res <- testNhoods(milo_obj, design=design, design_df=milo_design)

在这里，data代表单细胞表达数据，k是在构建KNN图时的邻居数量，~ Condition定义了实验的设计对比条件。虽然这不是以文件形式存在的配置，但在实际使用过程中起到了配置作用。

总结来说，MiloR的使用更依赖于R脚本的编程方式来定制化配置，而不是依赖于特定的配置文件进行设置。开发者和使用者需通过R代码直接与包交互，设定分析的具体细节。

miloRR package implementation of Milo for testing for differential abundance in KNN graphs项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miloR